| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004491
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Sphingomonas sp. AP4-R1 chromosome, complete genome）
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| 生物種名 |
Sphingomonas sp. AP4-R1
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| アクセッション番号またはID |
NZ_CP053346
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| コメント |
Sphingomonas sp. AP4-R1 chromosome, complete genome.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_CP053346.1
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| 登録日または更新日 |
2020-05-25
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
5252057
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
AP4-R1
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP053346.1.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; This genome has a base modification file available.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: APR-2020 ; Assembly Method :: RS HGAP Assembly v. 3.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 99.0x ; Sequencing Technology :: PacBio RSII ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/17/2023 03:06:06 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,806 ; CDSs (total) :: 4,747 ; Genes (coding) :: 4,670 ; CDSs (with protein) :: 4,670 ; Genes (RNA) :: 59 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 50 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 77 ; CDSs (without protein) :: 77 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 77 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 41 of 77 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 45 of 77 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 19 of 77 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 21 of 77 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Genome sequencing of strain KACC 21605
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Heo,J. Kim,S.-J. Kim,J.-S. Hong,S.-B. Kwon,S.-W.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (08-MAY-2020) Agricultural Mircrobiology Division, National Institute of Agricultural Sciences, 166 Nongsaengmyeong-ro, Iseo-myeon, Wanju-gun, Jeollabuk-do 55365, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Heo,J. Kim,S.-J. Kim,J.-S. Hong,S.-B. Kwon,S.-W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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