| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004520
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Tunicatimonas pelagia strain NBRC 107804 plasmid unnamed3, complete sequence）
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| 生物種名 |
Tunicatimonas pelagia
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| アクセッション番号またはID |
NZ_CP120686
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| コメント |
Tunicatimonas pelagia strain NBRC 107804 plasmid unnamed3, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_CP120686.1
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| 登録日または更新日 |
2023-07-22
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
9458
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 107804
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| 分離源 |
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| plasmid |
unnamed3
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP120686.1.; Bacteria and source DNA available from Xiamen University.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: HGAP v. 4 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 134.0x ; Sequencing Technology :: Oxford Nanopore ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/20/2023 07:52:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,203 ; CDSs (total) :: 6,150 ; Genes (coding) :: 6,125 ; CDSs (with protein) :: 6,125 ; Genes (RNA) :: 53 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 44 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 25 ; CDSs (without protein) :: 25 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 25 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 9 of 25 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 17 of 25 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 25 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 5 of 25 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
comparative genome analysis
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Chen,B.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (06-MAR-2023) State Key Laboratory for Marine Environmental Science, Institute of Marine Microbes and Ecospheres, Xiamen University, A3-302, Zhoulongquan Building, Xiamen University (Xiang'an), Xiang'an, Xiamen, Fujian 361102, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Chen,B.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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