解析情報 ゲノム

データID ANGE0000000004529
データタイトル ゲノム(RefSeq:Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 strain ATCC 14048 chromosome 2, complete sequence)
生物種名 Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759
アクセッション番号またはID NZ_CP141823
コメント Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 strain ATCC 14048 chromosome 2, complete sequence.
ゲノム配列のバージョン NZ_CP141823.1
登録日または更新日 2024-01-17
配列取得用URL
配列ファイルダウンロード
配列長(bp)または配列数(rc) 1927162
形態 circular
BioProject
BioSample
配列の種類 genomic DNA
strain ATCC 14048
分離源 salt marsh mud
plasmid
備考
菌株へのコメント REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP141823.1.; Bacteria and source DNA available from Binomica labs.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 19-DEC-2023 ; Assembly Method :: Flye v. 2.9.3-b1797 ; Assembly Name :: BINO_vnat_nophage ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 60.0x ; Sequencing Technology :: Oxford Nanopore; Illumina NextSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 01/15/2024 13:52:24 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,596 ; CDSs (total) :: 4,426 ; Genes (coding) :: 4,405 ; CDSs (with protein) :: 4,405 ; Genes (RNA) :: 170 ; rRNAs :: 13, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 13, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 129 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 21 ; CDSs (without protein) :: 21 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 21 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 13 of 21 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 12 of 21 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 21 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 6 of 21 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
参照 1
  タイトル Independent sequencing and analysis of Vibrio natriegens lab strain
  雑誌名/登録機関名 Unpublished
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Cocioba,S. Lim,S.W.
  PubMed
参照 2
  タイトル Direct Submission
  雑誌名/登録機関名 Submitted (29-DEC-2023) Research, Binomica Labs, 4301 22nd St 3FL Studio 342, Long Island City, NY 11101, USA
  出版年月
  巻・号・ページ
  著者 Cocioba,S. Lim,S.W.
  PubMed
関連情報

このデータにリンクしている情報

提供機関 1 Taxonomy プロジェクト 0 コレクション 1 微生物種 1 実験 0 微生物株 1 属性 文献 0 解析データ

1.微生物株情報  1件

2.微生物種情報  1件

5.文献情報  0件

Not found

7.コレクション情報  1件

8.提供機関情報  1件

9.実験情報  0件

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10.プロジェクト情報  0件

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