| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004529
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 strain ATCC 14048 chromosome 2, complete sequence）
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| 生物種名 |
Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759
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| アクセッション番号またはID |
NZ_CP141823
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| コメント |
Vibrio natriegens NBRC 15636 = ATCC 14048 = DSM 759 strain ATCC 14048 chromosome 2, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_CP141823.1
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| 登録日または更新日 |
2024-01-17
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
1927162
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
ATCC 14048
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| 分離源 |
salt marsh mud
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to CP141823.1.; Bacteria and source DNA available from Binomica labs.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 19-DEC-2023 ; Assembly Method :: Flye v. 2.9.3-b1797 ; Assembly Name :: BINO_vnat_nophage ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 60.0x ; Sequencing Technology :: Oxford Nanopore; Illumina NextSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 01/15/2024 13:52:24 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,596 ; CDSs (total) :: 4,426 ; Genes (coding) :: 4,405 ; CDSs (with protein) :: 4,405 ; Genes (RNA) :: 170 ; rRNAs :: 13, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 13, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 129 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 21 ; CDSs (without protein) :: 21 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 21 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 13 of 21 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 12 of 21 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 21 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 6 of 21 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Independent sequencing and analysis of Vibrio natriegens lab strain
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Cocioba,S. Lim,S.W.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (29-DEC-2023) Research, Binomica Labs, 4301 22nd St 3FL Studio 342, Long Island City, NY 11101, USA
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Cocioba,S. Lim,S.W.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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