| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004533 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Rahnella contaminans strain Lac-M11, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Rahnella contaminans |
| アクセッション番号またはID | NZ_JAADJS000000000 |
| コメント | Rahnella contaminans strain Lac-M11, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_JAADJS000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2020-03-08 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 5230602 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | Lac-M11 |
| 分離源 | traditional Jeju Makgeolli |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAADJS000000000.1.; The Rahnella contaminans whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAADJS000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAADJS010000000, and consists of sequences JAADJS010000001-JAADJS010000015.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2.04 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 151.0x ; Sequencing Technology :: Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_011065485.1-RS_2024_03_29 ; Annotation Date :: 03/29/2024 06:46:03 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,755 ; CDSs (total) :: 4,664 ; Genes (coding) :: 4,628 ; CDSs (with protein) :: 4,628 ; Genes (RNA) :: 91 ; rRNAs :: 4, 3, 4 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 1 (5S, 23S) ; partial rRNAs :: 1, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 70 ; ncRNAs :: 10 ; Pseudo Genes (total) :: 36 ; CDSs (without protein) :: 36 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 36 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 14 of 36 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 23 of 36 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 36 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 7 of 36 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Rahnella aceri sp. nov., isoated from traditional Jeju Makgeolli |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Kim,I.S. Jeon,D. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (24-JAN-2020) Institute of Jeju Microbial Resources, BioPS Co., Ltd., Sancheondan Dongil 16, Jeju 63243, South Korea |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Lee,S.D. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
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