| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004537
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Pyxidicoccus trucidator strain CA060A, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Pyxidicoccus trucidator
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAAIXZ000000000
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| コメント |
Pyxidicoccus trucidator strain CA060A, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAAIXZ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-03-02
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
12668652
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
CA060A
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| 分離源 |
soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAAIXZ000000000.1.; The Pyxidicoccus trucidator whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAAIXZ000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAAIXZ010000000, and consists of sequences JAAIXZ010000001-JAAIXZ010000136.; Bacteria and source DNA available from Aberystwyth University. The strain name was fixed in Sept 2020.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.7 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 30.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_010894435.1-RS_2024_03_28 ; Annotation Date :: 03/28/2024 06:20:54 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 9,743 ; CDSs (total) :: 9,652 ; Genes (coding) :: 9,565 ; CDSs (with protein) :: 9,565 ; Genes (RNA) :: 91 ; rRNAs :: 3, 3, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 2, 2 (5S, 16S) ; tRNAs :: 81 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 87 ; CDSs (without protein) :: 87 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 87 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 18 of 87 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 76 of 87 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 87 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 12 of 87 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Novel myxobacteria isolated from Welsh soil
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Zwarycz,A.S. Livingstone,P.G. Whitworth,D.E.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (17-FEB-2020) IBERS, Aberystwyth University, Penglais, Aberystwyth SY233FL, United Kingdom
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Zwarycz,A.S. Livingstone,P.G. Whitworth,D.E.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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