| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004546
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Alteromonas ponticola strain MYP5, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Alteromonas ponticola
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAATNW000000000
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| コメント |
Alteromonas ponticola strain MYP5, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAATNW000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-05-03
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3602801
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
MYP5
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| 分離源 |
seawater
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAATNW000000000.1.; The Alteromonas ponticola whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAATNW000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAATNW010000000, and consists of sequences JAATNW010000001-JAATNW010000022.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2019 ; Assembly Method :: SPAdes2 v. 3.13.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 76.7x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_012911815.1-RS_2024_05_05 ; Annotation Date :: 05/05/2024 02:24:10 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,241 ; CDSs (total) :: 3,172 ; Genes (coding) :: 3,155 ; CDSs (with protein) :: 3,155 ; Genes (RNA) :: 69 ; rRNAs :: 2, 4, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2 (5S) ; partial rRNAs :: 4, 5 (16S, 23S) ; tRNAs :: 54 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 17 ; CDSs (without protein) :: 17 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 17 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 5 of 17 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 12 of 17 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 17 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 5 of 17 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Alteromonas ponticola sp. nov., isolated from seawater
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoon,J.-H. Kim,Y.-O.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (27-MAR-2020) Department of Food Science and Biotechnology, Sungkyunkwan University, Seobu-ro 2066, Suwon 16419, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoon,J.-H. Kim,Y.-O.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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