| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004547 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Pseudoalteromonas caenipelagi strain JBTF-M23, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Pseudoalteromonas caenipelagi |
| アクセッション番号またはID | NZ_JABBPG000000000 |
| コメント | Pseudoalteromonas caenipelagi strain JBTF-M23, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_JABBPG000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2020-05-24 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 5082770 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | JBTF-M23 |
| 分離源 | tidal flat |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JABBPG000000000.1.; The Pseudoalteromonas caenipelagi whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JABBPG000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JABBPG010000000, and consists of sequences JABBPG010000001-JABBPG010000033.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from Pseudoalteromonas sp. JBTF-M23.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2020 ; Assembly Method :: SPAdes2 v. 3.13.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 283.82x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_013140855.1-RS_2024_05_05 ; Annotation Date :: 05/05/2024 02:36:27 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 4,437 ; CDSs (total) :: 4,324 ; Genes (coding) :: 4,285 ; CDSs (with protein) :: 4,285 ; Genes (RNA) :: 113 ; rRNAs :: 2, 3, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2, 3 (16S, 23S) ; tRNAs :: 100 ; ncRNAs :: 5 ; Pseudo Genes (total) :: 39 ; CDSs (without protein) :: 39 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 39 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 11 of 39 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 32 of 39 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 39 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 10 of 39 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Pseudoalteromonas caenipelagi sp. nov., isolated from a tidal flat |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Park,S. Yoon,J.-H. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (20-APR-2020) Department of Food Science and Biotechnology, Sungkyunkwan University, Seobu-ro 2066, Suwon 16419, Korea, Republic of |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Yoon,J.-H. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
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7.コレクション情報
8.提供機関情報
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10.プロジェクト情報
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