| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004548
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Permianibacter fluminis strain IMCC34836, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Permianibacter fluminis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JABMEG000000000
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| コメント |
Permianibacter fluminis strain IMCC34836, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JABMEG000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-05-31
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
4359061
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
IMCC34836
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| 分離源 |
river
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JABMEG000000000.1.; The Permianibacter fluminis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JABMEG000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JABMEG010000000, and consists of sequences JABMEG010000001-JABMEG010000005.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.14.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 138.964x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 01/30/2024 06:13:13 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,815 ; CDSs (total) :: 3,760 ; Genes (coding) :: 3,736 ; CDSs (with protein) :: 3,736 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 3, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 3, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 46 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 24 ; CDSs (without protein) :: 24 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 24 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 3 of 24 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 22 of 24 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 24 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 4 of 24 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Permianibacter fluminis sp. nov., isolated from a freshwater river
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Park,M.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (21-MAY-2020) Biology, Inha University, Inha-ro 100, Incheon 22222, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Park,M.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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