| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004549
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Aeromicrobium stalagmiti strain YC3-14, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Aeromicrobium stalagmiti
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JABSTZ000000000
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| コメント |
Aeromicrobium stalagmiti strain YC3-14, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JABSTZ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-06-08
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3682010
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
YC3-14
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| 分離源 |
cave popcorn
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JABSTZ000000000.1.; The Aeromicrobium stalagmiti whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JABSTZ000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JABSTZ010000000, and consists of sequences JABSTZ010000001-JABSTZ010000020.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2.04 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 147.0x ; Sequencing Technology :: Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/24/2023 02:17:31 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.5 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,679 ; CDSs (total) :: 3,625 ; Genes (coding) :: 3,365 ; CDSs (with protein) :: 3,365 ; Genes (RNA) :: 54 ; rRNAs :: 2, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; partial rRNAs :: 1, 1 (5S, 23S) ; tRNAs :: 45 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 260 ; CDSs (without protein) :: 260 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 260 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 5 of 260 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 256 of 260 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 260 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 2 of 260 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Aeromicrobium popcorni sp. nov., isolated from a lava cave
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Lee,S.D.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (28-MAY-2020) Institute of Jeju Microbial Resources, BioPS Co., Ltd., Sancheondan Dongil 16, Jeju 63243, South Korea
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Lee,S.D.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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