| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004550
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Streptomyces salinarius strain SS06011, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Streptomyces salinarius
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JACLZH000000000
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| コメント |
Streptomyces salinarius strain SS06011, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JACLZH000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2020-08-25
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
8429580
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
SS06011
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| 分離源 |
saltern field soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JACLZH000000000.1.; The Streptomyces salinarius whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JACLZH000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JACLZH010000000, and consists of sequences JACLZH010000001-JACLZH010000085.; Bacteria and source DNA available from TBRC Thailand and NBRC Japan.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: APR-2020 ; Assembly Method :: Prokka v. 1.13 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 270.0x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 10/09/2023 03:55:23 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 7,685 ; CDSs (total) :: 7,610 ; Genes (coding) :: 7,429 ; CDSs (with protein) :: 7,429 ; Genes (RNA) :: 75 ; rRNAs :: 1, 1, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 68 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 181 ; CDSs (without protein) :: 181 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 181 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 77 of 181 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 133 of 181 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 18 of 181 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 42 of 181 ; CRISPR Arrays :: 3 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Characterization of actinomycetes isolated from saltern field soil, Samutsakorn Thailand
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Klanbut,K.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (13-AUG-2020) Department of Biology Faculty of Science, King Mongkut's Institue of Technology Ladkrabang, Chalongkrung Road, Ladkrabang, Bangkok 10520, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Klanbut,K.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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