| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004567 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Nocardia coffeae strain CA2R105, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Nocardia coffeae |
| アクセッション番号またはID | NZ_JAINZY000000000 |
| コメント | Nocardia coffeae strain CA2R105, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_JAINZY000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2021-09-09 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 10562586 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | CA2R105 |
| 分離源 | root |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAINZY000000000.1.; The Nocardia coffeae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAINZY000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAINZY010000000, and consists of sequences JAINZY010000001-JAINZY010000106.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.1 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 40x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/31/2023 12:51:07 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 9,459 ; CDSs (total) :: 9,403 ; Genes (coding) :: 9,289 ; CDSs (with protein) :: 9,289 ; Genes (RNA) :: 56 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 50 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 114 ; CDSs (without protein) :: 114 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 114 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 20 of 114 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 103 of 114 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 114 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 13 of 114 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | WGS of actinomycetes from Thailand |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Thawai,C. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (30-AUG-2021) Biology, King Mongkut's Institute of Technology Ladkrabang, Chalongkrung, Ladkrabang, Bangkok 10520, Thailand |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Thawai,C. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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