| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004570
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Kitasatospora humi strain RB6PN24, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Kitasatospora humi
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAJJPA000000000
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| コメント |
Kitasatospora humi strain RB6PN24, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAJJPA000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2021-11-24
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
8094094
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
RB6PN24
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| 分離源 |
peat swamp soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAJJPA000000000.1.; The Kitasatospora humi whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAJJPA000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAJJPA010000000, and consists of sequences JAJJPA010000001-JAJJPA010000150.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from single isolate.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2021 ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.8.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 48.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 08/31/2023 17:55:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 7,359 ; CDSs (total) :: 7,272 ; Genes (coding) :: 7,108 ; CDSs (with protein) :: 7,108 ; Genes (RNA) :: 87 ; rRNAs :: 1, 2 (16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1 (16S) ; partial rRNAs :: 2 (23S) ; tRNAs :: 81 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 164 ; CDSs (without protein) :: 164 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 164 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 45 of 164 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 137 of 164 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 164 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 22 of 164 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft genome sequence of Kitasatospora sp. RB6PN24 isolated from peat swamp forest in Thailand
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Klaysubun,C.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (16-NOV-2021) Microbiology, Kasetsart University, 50 Ngam Wong Wan, Bangkok 10900, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Klaysubun,C.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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