| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004581
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Amycolatopsis iheyensis strain OK19-0408, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Amycolatopsis iheyensis
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAMXQV000000000
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| コメント |
Amycolatopsis iheyensis strain OK19-0408, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAMXQV000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-08-18
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
10438610
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
OK19-0408
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| 分離源 |
agricultural soil
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAMXQV000000000.1.; The Amycolatopsis iheyensis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAMXQV000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAMXQV010000000, and consists of sequences JAMXQV010000001-JAMXQV010000077.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Velvet v. 1.0.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 10.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/01/2023 06:04:03 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 9,946 ; CDSs (total) :: 9,877 ; Genes (coding) :: 9,760 ; CDSs (with protein) :: 9,760 ; Genes (RNA) :: 69 ; rRNAs :: 5, 5, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5 (5S) ; partial rRNAs :: 5, 1 (16S, 23S) ; tRNAs :: 55 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 117 ; CDSs (without protein) :: 117 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 117 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 35 of 117 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 96 of 117 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 3 of 117 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 17 of 117 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Amycolatopsis iheyaensis sp. nov., a new species of the genus Amycolatopsis isolated from soil in Iheya island, Japan
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ngamcharungchit,C. Kanto,H. Take,A. Intra,B. Matsumoto,A. Panbangred,W. Inahashi,Y.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (23-JUN-2022) Biotechnology, Mahidol University, Rama VI, Bangkok 10400, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Ngamcharungchit,C. Kanto,H. Take,A. Intra,B. Matsumoto,A. Panbangred,W. Inahashi,Y.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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