| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004584
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Herbiconiux daphne strain CPCC 203386, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Herbiconiux daphne
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JANLCJ000000000
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| コメント |
Herbiconiux daphne strain CPCC 203386, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JANLCJ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2022-09-08
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
5304040
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
CPCC 203386
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JANLCJ000000000.1.; The Herbiconiux daphne whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JANLCJ000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JANLCJ010000000, and consists of sequences JANLCJ010000001-JANLCJ010000889.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. July-2010 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 242.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 02/11/2024 10:03:18 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 5,633 ; CDSs (total) :: 5,554 ; Genes (coding) :: 5,479 ; CDSs (with protein) :: 5,479 ; Genes (RNA) :: 79 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 73 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 76 ; CDSs (without protein) :: 75 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 76 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 2 of 76 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 68 of 76 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 5 of 76 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (08-AUG-2022) China Pharmaceutical Culture Collection, Institute of Medicinal Biotechnology, Chinese Academy of Medical Sciences, Nanwei Road, No. 2, Beijing 100050, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Deng,Y. Han,X.-F. Zhang,Y.-Q.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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