| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004587
|
|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Sphingomicrobium arenosum strain NBRC 113094, whole genome shotgun sequencing project）
|
| 生物種名 |
Sphingomicrobium arenosum
|
| アクセッション番号またはID |
NZ_JANPVN000000000
|
| コメント |
Sphingomicrobium arenosum strain NBRC 113094, whole genome shotgun sequencing project.
|
| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JANPVN000000000.1
|
| 登録日または更新日 |
2022-11-17
|
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
2558758
|
| 形態 |
linear
|
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
|
| strain |
NBRC 113094
|
| 分離源 |
marine sediment
|
| plasmid |
|
| 備考 |
|
| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JANPVN000000000.1.; The Sphingomicrobium arenosum whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JANPVN000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JANPVN010000000, and consists of sequences JANPVN010000001-JANPVN010000003.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.10.1 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 250.0x ; Sequencing Technology :: Illumina NovaSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 12/22/2023 20:54:51 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,564 ; CDSs (total) :: 2,514 ; Genes (coding) :: 2,508 ; CDSs (with protein) :: 2,508 ; Genes (RNA) :: 50 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 44 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 6 ; CDSs (without protein) :: 6 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 6 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 1 of 6 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 5 of 6 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 0 of 6 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
|
| 参照 |
1
|
| タイトル |
Sphingomicrobium nitratireducens sp. nov., isolated from a tidal flat in Guangxi
|
| 雑誌名/登録機関名 |
Arch Microbiol 204 (11), 671 (2022)
|
| 出版年月 |
|
| 巻・号・ページ |
|
| 著者 |
You,H. Xu,L. Kong,Y.H. Sun,C. Zhou,P. Xu,X.W.
|
| PubMed | |
| 参照 |
2
|
| タイトル |
Direct Submission
|
| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (10-AUG-2022) Key laboratory of Marine Ecosystem and Biogeochemistry, Second Institute of Oceanography, Ministry of Natural Resources, North Baochu Road, Hangzhou, Zhejiang 310012, China
|
| 出版年月 |
|
| 巻・号・ページ |
|
| 著者 |
You,H. Xu,L. Kong,Y.-H. Sun,C. Wu,Z.-C. Xu,X.-W.
|
| PubMed |
|
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
