| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004591
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Nocardiopsis suaedae strain LSu2-4, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Nocardiopsis suaedae
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAQFWP000000000
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| コメント |
Nocardiopsis suaedae strain LSu2-4, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAQFWP000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-01-13
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
6970021
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
LSu2-4
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| 分離源 |
leaves
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAQFWP000000000.1.; The Nocardiopsis suaedae whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAQFWP000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAQFWP010000000, and consists of sequences JAQFWP010000001-JAQFWP010000140.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from single isolate.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Date :: 2022 ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.12.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 60.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 02/23/2024 04:19:13 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,239 ; CDSs (total) :: 6,184 ; Genes (coding) :: 6,119 ; CDSs (with protein) :: 6,119 ; Genes (RNA) :: 55 ; rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 1 (23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 65 ; CDSs (without protein) :: 65 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 65 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 5 of 65 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 57 of 65 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 4 of 65 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 65 ; CRISPR Arrays :: 11 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft genome sequence of Nocardiopsis sp. LSu2-4 isolated from halophytes
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Chantavorakit,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (05-JAN-2023) Microbiology, Kasetsart University, 50 Ngam Wong Wan, Bangkok 10900, Thailand
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Duangmal,K. Chantavorakit,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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