| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004592 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Nocardiopsis endophytica strain RSe5-2, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Nocardiopsis endophytica |
| アクセッション番号またはID | NZ_JAQFWQ000000000 |
| コメント | Nocardiopsis endophytica strain RSe5-2, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_JAQFWQ000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-01-14 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 7259403 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | RSe5-2 |
| 分離源 | roots |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAQFWQ000000000.1.; The Nocardiopsis endophytica whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAQFWQ000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAQFWQ010000000, and consists of sequences JAQFWQ010000001-JAQFWQ010000211.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; Bacteria and source DNA available from single isolate.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SPAdes v. 3.12.0 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 53.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 02/23/2024 04:29:09 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 6,403 ; CDSs (total) :: 6,345 ; Genes (coding) :: 6,291 ; CDSs (with protein) :: 6,291 ; Genes (RNA) :: 58 ; rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 51 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 54 ; CDSs (without protein) :: 54 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 54 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 2 of 54 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 52 of 54 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 54 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 54 ; CRISPR Arrays :: 8 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft genome sequence of Nocardiopsis sp. RSe5-2 isolated from halophytes |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Duangmal,K. Chantavorakit,T. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (05-JAN-2023) Microbiology, Kasetsart University, 50 Ngam Wong Wan, Bangkok 10900, Thailand |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Duangmal,K. Chantavorakit,T. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
5.文献情報
Not found
7.コレクション情報
8.提供機関情報
9.実験情報
Not found
10.プロジェクト情報
Not found
