| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000004600 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Asaia bogorensis NBRC 16594, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Asaia bogorensis NBRC 16594 |
| アクセッション番号またはID | NZ_JAVIZB000000000 |
| コメント | Asaia bogorensis NBRC 16594, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_JAVIZB000000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2023-09-16 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 3299069 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 16594 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAVIZB000000000.1.; The Asaia bogorensis NBRC 16594 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAVIZB000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAVIZB010000000, and consists of sequences JAVIZB010000001-JAVIZB010000002.; pi_orcid: https://orcid.org/0000-0001-5644-4768.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.8.3 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 113.0x ; Sequencing Technology :: PacBio ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/16/2023 07:58:41 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,931 ; CDSs (total) :: 2,855 ; Genes (coding) :: 2,812 ; CDSs (with protein) :: 2,812 ; Genes (RNA) :: 76 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 57 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 43 ; CDSs (without protein) :: 43 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 43 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 29 of 43 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 19 of 43 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 43 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 10 of 43 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Functional and genomic diversity of the sorghum phyllosphere microbiome |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Shade,A. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (31-AUG-2023) Prokaryote Super Program, DOE Joint Genome Institute, 1 Cyclotron Road, Mail Stop: 91R0183, Berkeley, CA 94720, USA |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Shade,A. Huntemann,M. Clum,A. Spunde,A. Palaniappan,K. Ritter,S. Mikhailova,N. Chen,I.-M. Stamatis,D. Reddy,T. O'Malley,R. Daum,C. Shapiro,N. Ivanova,N. Kyrpides,N. Woyke,T. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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