| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004600
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Asaia bogorensis NBRC 16594, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Asaia bogorensis NBRC 16594
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JAVIZB000000000
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| コメント |
Asaia bogorensis NBRC 16594, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JAVIZB000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2023-09-16
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3299069
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 16594
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JAVIZB000000000.1.; The Asaia bogorensis NBRC 16594 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JAVIZB000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JAVIZB010000000, and consists of sequences JAVIZB010000001-JAVIZB010000002.; pi_orcid: https://orcid.org/0000-0001-5644-4768.; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Flye v. 2.8.3 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: No ; Genome Coverage :: 113.0x ; Sequencing Technology :: PacBio ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 09/16/2023 07:58:41 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.6 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 2,931 ; CDSs (total) :: 2,855 ; Genes (coding) :: 2,812 ; CDSs (with protein) :: 2,812 ; Genes (RNA) :: 76 ; rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 5, 5, 5 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 57 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 43 ; CDSs (without protein) :: 43 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 43 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 29 of 43 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 19 of 43 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 7 of 43 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 10 of 43 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Functional and genomic diversity of the sorghum phyllosphere microbiome
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Shade,A.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (31-AUG-2023) Prokaryote Super Program, DOE Joint Genome Institute, 1 Cyclotron Road, Mail Stop: 91R0183, Berkeley, CA 94720, USA
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Shade,A. Huntemann,M. Clum,A. Spunde,A. Palaniappan,K. Ritter,S. Mikhailova,N. Chen,I.-M. Stamatis,D. Reddy,T. O'Malley,R. Daum,C. Shapiro,N. Ivanova,N. Kyrpides,N. Woyke,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
