| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000004605
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Pseudokineococcus marinus strain NBRC 102111, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Pseudokineococcus marinus
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| アクセッション番号またはID |
NZ_JBBHZZ000000000
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| コメント |
Pseudokineococcus marinus strain NBRC 102111, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_JBBHZZ000000000.1
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| 登録日または更新日 |
2024-04-06
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3768924
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 102111
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| 分離源 |
Marine sediment of the coast
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to JBBHZZ000000000.1.; The Pseudokineococcus marinus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_JBBHZZ000000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_JBBHZZ010000000, and consists of sequences JBBHZZ010000001-JBBHZZ010000021.; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SOAPdenovo v. 2 ; Genome Representation :: Full ; Expected Final Version :: Yes ; Genome Coverage :: 97.0x ; Sequencing Technology :: Illumina HiSeq ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Name :: GCF_037482405.1-RS_2024_04_06 ; Annotation Date :: 04/06/2024 15:23:10 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 6.7 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA ; Genes (total) :: 3,382 ; CDSs (total) :: 3,324 ; Genes (coding) :: 3,295 ; CDSs (with protein) :: 3,295 ; Genes (RNA) :: 58 ; rRNAs :: 1, 2, 3 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 2 (5S, 16S) ; partial rRNAs :: 3 (23S) ; tRNAs :: 49 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 29 ; CDSs (without protein) :: 29 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 29 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 1 of 29 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 28 of 29 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 29 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 1 of 29 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Pseudokineococcus lusitanus gen. nov., sp. nov., and reclassification of Kineococcus marinus Lee 2006 as Pseudokineococcus marinus comb. nov
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| 雑誌名/登録機関名 |
Int J Syst Evol Microbiol 61 (Pt 10), 2515-2519 (2011)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Jurado,V. Laiz,L. Ortiz-Martinez,A. Groth,I. Saiz-Jimenez,C.
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| PubMed | |
| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (12-MAR-2024) microbial chemistry, Institute of Medicinal Biotechnology, Chinese Academy of Medical Sciences, TianTan Xi Li No. 1, Beijing, Beijing 100050, China
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Li,F.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
