| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
実験情報
| データID | EXPE0000302010002 |
|---|---|
| データタイトル | 実験（カロテノイド関連遺伝子推定（Assemble）） |
| 実施機関名 | 独立行政法人 製品評価技術基盤機構 |
| 実験に関するURL | |
| 【サンプル調製プロトコル】 | |
| 概要 | |
| 培養温度 | |
| 酸素要求性 | |
| 培養時間 | |
| 【測定プロトコル】 | |
| 測定方法 | |
| 測定ツール | |
| 【データ解析プロトコル】 | |
| 解析方法 |
○データトリム
sickleデフォルトでリードをトリムする。 ○データアッセンブル トリムしたリードをすべて使用して、newblerのデフォルトでアッセンブル ○アッセンブルデータ精査 アッセンブルデータの454ContigGraph.txtで平均リダンダンスより半分以下のリダンダンスを削除。 metaxa,blastallにてrRNA配列データを抜き出しblast検索でデータ取り違いの確認する ○データアッセンブル newblerのデフォルトでアッセンブル ○アッセンブルデータ精査 アッセンブルデータの454ContigGraph.txtで平均リダンダンスより半分以下のリダンダンスを削除。 blastallにてrRNA配列データを抜き出しblast検索でデータ取り違いの確認する |
| 解析ツール | OS: Red Hat Enterprise Linux Server release 6.5 (Santiago) |
| データトリム: sickle version 1.33 | |
| データアッセンブル: newbler 3.0 (20140410_1040) | |
| アッセンブルデータ精査: metaxa 1.1.2, blastall 2.2.22 | |
| 関連情報 |
このデータにリンクしている情報 |
1.微生物株情報
2.微生物種情報
6.解析データ情報
6-1.ゲノム
6-2.画像
Not found
6-3.その他データ
Not found
6-4.MALDI
Not found
10.プロジェクト情報
