Brevibacillus brevis 47 (NBRC 100599)
プロテオーム解析の概要
ブレビバチルス属細菌 Brevibacillus brevis 47 (NBRC 100599) について、以下の条件でプロテオーム解析を実施しました。
１． ショットガンプロテオーム解析（SDS-PAGE、LC-MS/MS）
- （１）T2培地（対数増殖期）菌体内
- （２）T2培地（定常期）菌体内
- （３）最小培地（定常期）菌体内
- （４）T2培地Mg添加（定常期）菌体内
- （５）T2培地（定常期）菌体外
- （６）T2培地Mg添加（定常期）菌体外
２．ペプチドマスフィンガープリント（二次元電気泳動、MALDI-TOFMS）
- （１）T2培地（対数増殖期）菌体内
- （２）T2培地（定常期）菌体内
- （３）最小培地（定常期）菌体内
- （４）T2培地Mg添加（定常期）菌体内
３．多次元LC法（二次元LC、カラム内消化、LC-MS/MS）
- （１）T2培地（対数増殖期）菌体内
４．N末端アミノ酸解析（二次元電気泳動、プロテインシーケンサー）
解析結果
全遺伝子数の35%のタンパク質の発現を確認し、この中にはORFとして推定されていなかった5個の遺伝子が含まれていました。この結果をアノテーションの見直しに反映し、5,950個のORFが推定されました。近年、このような技術は、プロテオゲノミクス（Proteogenomics）と呼ばれています。
修飾塩基キューオシンの生合成に関する遺伝子が対数増殖期で最も多く発現していました。
マグネシウムイオンはB. brevis 47の2個の代謝経路を促進させていると示唆されました。
詳細な解析結果は、生物資源データプラットフォーム（DBRP）で公開されています。
発表等
- 54th ASMS Conference (2006.5)
- “Comprehensive proteome analysis of Brevibacillus brevis 47”
- Hanako Ataku, Miyako Mise, Keiko Nishijima, Rie Otsuka, Jun Yamazaki, Syuji Yamazaki, Kazumi Sasaki, Shinichi Tago and Nobuyuki Fujita
- 第30回日本分子生物学会年会・第80回日本生化学会大会合同大会 (2007.12)
- 「網羅的プロテオーム解析によるアノテーションの精密化」
- (Proteome Analysis for Precise Prediction of Protein Coding Regions)
- 西嶋桂子、山崎純、三瀬美也子、安宅花子、佐々木和実、山崎秀司、藤田信之
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