バイオテクノロジー

NBRCヒト常在微生物カクテル

 近年、ヒトの腸内に生息する一部の細菌が肥満やうつ病などと深い関係にあることがわかってきています1),2)。また、がんの治療薬として注目されている免疫チェックポイント阻害薬の薬効も腸内細菌と関連することが示唆されています3)。これらのことから、ヒトマイクロバイオーム解析を基にした新たな医薬品や食品等の創出が期待されています。
 一方、ヒトマイクロバイオーム解析は、試料の採取・保存、DNA抽出、ライブラリー調製、シーケンス、データ解析と多くの工程からなり、各工程の手法や作業者の違いにより測定結果に偏りが生じてしまいます4)。そのため、得られたデータの信頼性や比較互換性が乏しいことが課題となっていました。
 NBRCでは、ヒトマイクロバイオーム研究をサポートするために、国産初の「NBRCヒト常在微生物カクテル」を開発し、2022年1月13日より提供を開始しました。

リーフレットはこちら

1) Ozato N. et al., npj Biofilms Microbiomes, 5:28 (2019)
2) Valles-Colomer M. et al., Nat. Microbiol., 4:623–632 (2019)
3) Routy B. et al., Science, 359:91-97 (2018)
4) Tourlousse D. M. et al., Microbiome, 9:95 (2021)

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NBRCヒト常在微生物カクテルのラインナップ

NBRCヒト常在菌菌体カクテル (Cell-Mock-003)

 NBRCヒト常在菌菌体カクテルは、ヒトの腸内、口腔、皮膚などに生息する18種類のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
 DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコールの検証などにおすすめです。

NBRCヒト常在菌DNAカクテル (DNA-Mock-003)

 NBRCヒト常在菌DNAカクテルは、ヒトの腸内、口腔、皮膚などに生息する20種類のNBRC株の純粋培養物からゲノムDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数が等量となるよう混合したものです。
 サイズやGC含量、分類群が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。

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NBRCヒト常在微生物カクテルの特徴と含まれる微生物

 ●日本人の腸内、口腔内、皮膚などから検出される20種のNBRC株を使用
 ●幅広い分類群をカバーするように混合
 ●DNA抽出が困難なグラム陽性菌と抽出が容易な陰性菌をバランス良く混合
 ●16S rRNA遺伝子のコピー数、ゲノムサイズ、GC含量が多様
 ●カクテル構成株の全ゲノム配列が入手可能
 ●カクテル構成株はNBRC株として入手可能
 

   
NBRCヒト常在微生物カクテルに含まれる20種類の微生物
学名
NBRC
番号
グラム染色
ゲノム
サイズ(Mbp)
GC含量(%)
16S
rRNA
コピー数
バイオ
セーフティ
レベル
Anaerostipes caccae
陽性 3.3 44.5
Bifidobacterium longum 114370 陽性 2.6 60.1 1
Bifidobacterium longum subsp. longum 114494 陽性 2.5 60.1 1
Blautia sp. 113351 陽性 6.2 46.7 1*
Collinsella aerofaciens 114504 陽性 2.3 60.3 1*
Enterocloster clostridioformis 113352 陽性 5.7 48.9 1*
Flavonifractor plautii 113805 陽性 4.3 60.4 1
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii 3202T 陽性 1.9 50.1 1
Ruminococcus gnavus 114413 陽性 3.8 42.5 1
Akkermansia muciniphila 114322 陰性 2.8 55.7 1
Bacteroides uniformis 113350 陰性 5.0 46.2 1*
Escherichia coli 3301 陰性 4.8 50.8 1
Megamonas funiformis
(DNA-mock-003のみ)
114415 陰性 2.5 31.5 1
Megasphaera massiliensis
(DNA-mock-003のみ)
114414 陰性 2.6 50.6 1
Parabacteroides distasonis 113806 陰性 5.2 45.0 1*
Streptococcus mutans 13955T 陽性 2.0 36.9 1*
Cutibacterium acnes subsp. acnes 113869 陽性 2.6 60.0 1*
Staphylococcus epidermidis 113846 陽性 2.5 32.2 1*
Bacillus subtilis subsp. subtilis 13719T 陽性 4.3 43.3 10 1
Pseudomonas putida 14164T 陰性 6.2 62.3 7 1*
 
       
NBRCヒト常在微生物カクテル構成株のゲノム配列情報
学名 NBRC
番号
ゲノム情報
アクセッション番号
分離源
Anaerostipes caccae 114412 CP084016 ヒトの糞便
Bifidobacterium longum 114370 CP084012, CP084013 ヒトの糞便
Bifidobacterium longum subsp. longum 114494 CP084020, CP084021, CP084022 ヒトの糞便
Blautia sp. 113351 CP084061 ヒトの糞便
Collinsella aerofaciens 114504 CP084004, CP084005, CP084006 ヒトの糞便
Enterocloster clostridioformis 113352 BJLB00000000 ヒトの糞便
Flavonifractor plautii 113805 CP084007 ヒトの糞便
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii 3202T AP019750 Sour grain mash
Ruminococcus gnavus 114413 CP084014, CP084015 ヒトの糞便
Akkermansia muciniphila 114322 CP084201, CP084202 ヒトの糞便
Bacteroides uniformis 113350 AP019724, AP019725, AP019726, AP019727, AP019728 ヒトの糞便
Escherichia coli 3301 CP048439, CP048440 ヒトの糞便
Megamonas funiformis
(DNA-mock-003のみ)
114415 CP084018 ヒトの糞便
Megasphaera massiliensis
(DNA-mock-003のみ)
114414 CP084019 ヒトの糞便
Parabacteroides distasonis 113806 AP019729 ヒトの糞便
Streptococcus mutans 13955T AP019720 う蝕歯
Cutibacterium acnes subsp. acnes 113869 CP084017 ヒトの皮膚
Staphylococcus epidermidis 113846 CP084008, CP084009, CP084010, CP084011 ヒトの皮膚
Bacillus subtilis subsp. subtilis 13719T AP019714, AP019715 その他
Pseudomonas putida 14164T AP013070 その他
 

 

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NBRCヒト常在微生物カクテルの品質確認

 製造したNBRCヒト常在微生物カクテルの品質確認は、JMBCから公開されているSOP*に準じたDNA抽出・ライブラリー調製・ショットガンシーケンスにより実施し、一定の品質基準を満たすものであることを確認しています。
*SOP: http://www.jmbc.life/news/images/SOPv1.2.pdf ショットガンシークエンスによる検証結果
 

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アプリケーション例

 NBRCヒト常在微生物カクテルは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー調製試薬等の評価をはじめとしたプロトコールの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。

NBRCヒト常在菌菌体カクテルの適用範囲
 
【利用例】
 ●菌叢解析におけるコントロール
 ●試薬・キットの開発における疑似サンプル
 ●事業所・作業者ごとの精度管理用サンプル
 ●プロトコール(方法・試薬)の確認
 ●SOP(標準手順書)のバリデーション
 ●試薬・装置の開発
 ●模擬微生物叢
 ●作業者の教育訓練

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入手について

 現在、提供しているNBRCヒト常在微生物カクテルは以下の2種類です。

製品名
NBRCヒト常在菌菌体カクテル
Cell-Mock-003
NBRCヒト常在菌DNAカクテル
DNA-Mock-003
内容量 500 µL  30 µL
手数料
(税込・送料別)
¥16,390 ¥28,270
保存溶媒 15% glycerol in PBS (pH7.4) 10 mM Tris-HCl(pH8.5)
含有量  2x1010  細胞/500 µL  1500 ng/30 µL
保存形態 凍結(-80℃)※2 凍結(-80℃)※2
データシート※1 210501NC 提供中のロット
(2021.5製造)
210401ND  提供中のロット
(2021.4製造)

詳細は手数料・消費税率改定のお知らせをご覧ください。
  • ※1:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16S rRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析)の結果を公開しています。
  • ※2:入手後は-80℃のフリーザーで、凍結保存を行ってください。
  • ・手数料は送料を含みません(送料着払いにて送付します)。
  • ・振込手数料は依頼者様がご負担ください。
 

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NBRCヒト常在微生物カクテルについて

 本カクテルは、国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)の「NEDO先導研究プログラム/新産業創出新技術先導研究プログラム/ヒトマイクロバイオームの産業利用に向けた、解析技術および革新的制御技術の開発」(2018年度~2020年度)による支援を受け、国立研究開発法人産業技術総合研究所(産総研)、一般社団法人日本マイクロバイオームコンソーシアム(JMBC)、および国立研究開発法人理化学研究所(RIKEN BRC-JCM)と共同で開発されました。

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引用について

ヒト常在微生物カクテルを論文等で引用する場合は以下の論文を引用してください。
Tourlousse, D.M., Narita, K., Miura, T. et al. Characterization and demonstration of mock communities as control reagents for accurate human microbiome community measurements. Microbiology Spectrum, 10(2): e01915-21.

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お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  産業連携推進課
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住所:〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 地図
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