バイオテクノロジー

NBRCニュース 第69号

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                      NBRCニュース No. 69(2021.6.1)
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 NBRCニュース第69号をお届けします。今号は連載「微生物あれこれ」にて、ゲノム情報
に基づく細菌の分類や同定に利用可能な解析ツールをご紹介いたします。また、皆様に広
くご利用いただいている生物資源データプラットフォーム(DBRP)に新たなデータが追加
されますのでご紹介いたします。最後までお読みいただければ幸いです。
 なお、今号のお知らせのとおり、NBRCニュースに関するアンケートサイトを開設いたし
ました。ぜひ忌憚の無いご意見をお寄せください。

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 内容
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 1.NBRC株の分譲依頼方法:オンライン依頼への一本化について
 2.新たにご利用可能となった微生物株
 3.微生物あれこれ(54)
   ゲノム情報を用いた細菌の分類・同定ツールのご紹介
 4.DBRPにおけるNEDOスマートセルプロジェクトのデータ公開のお知らせ
 5.「NBRCニュース」に関するアンケートへのご協力のお願い
 6.NBRCの展示について

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 1.NBRC株の分譲依頼方法:オンライン依頼への一本化について
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 NBRCでは、NBRC株の分譲依頼をオンラインカタログから行うことができる「NBRC株オン
ライン分譲依頼サービス」を2021年3月16日(火)に開始いたしました。本サービスの開
始後も、従来どおり分譲依頼書をEメール、FAX、郵送にて受け付けておりましたが、2021
年7月1日(木)より原則としてオンライン依頼に一本化させていただきます。今後、NBRC
株の分譲はオンラインからご依頼いただきますようお願いいたします。
 なお、中学校及び高等学校教材用の菌株については、オンライン依頼に対応しておりま
せん。お手数ですが、nbrc-order@nite.go.jpにお問い合わせください。

【NBRC株オンライン分譲依頼サービス】
 https://www.nite.go.jp/nbrc/catalogue/NBRCDispSearchServlet?lang=ja
【中学校及び高等学校教材用】
 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/use/list.html

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 2.新たにご利用可能となった微生物株
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◆NBRC株
 糸状菌14株、細菌32株が新たにご利用可能となりました。
 糸状菌では、NBRCにて分類学的検討を行いCandelabrum属から系統的に分かれるグループ
を新属Brocchiosphaera属として提案した論文※の引用株を公開しました。
 細菌では腸内細菌として注目されているムチン分解菌のAkkermansia属2株(NBRC 115031
及びNBRC 115032)を公開しました。また、食品危害菌として分離された乳酸菌やBacillus
属ほか12株(NBRC 114775NBRC 114776NBRC 114777NBRC 114778NBRC 114779NBRC 114780NBRC 114781NBRC 114975NBRC 114976NBRC 114977NBRC 114978NBRC 114979)を公開しました。食品検査の参照用としての活用が期待されます。

【詳細】 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/new_strain/new_dna.html

※糸状菌公開株に関する文献
 Yamaguchi, K. et al. (2020). Mycoscience 61, 265-281.

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 3.微生物あれこれ(54)
   ゲノム情報を用いた細菌の分類・同定ツールのご紹介      (田村朋彦)
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 細菌の新種報告は、細胞形態や生理生化学的性状、化学分類学的特徴、系統解析等を組
み合わせた多相分類(polyphasic taxonomy)によって行われています。近年、細菌の新
種の報告の際にはゲノム配列の登録が必須となり、ゲノム配列を用いた解析も多相分類に
利用されるようになっています。ゲノム配列間の比較や系統解析は、数年前まではLinux
上で動作するアプリケーションで行うことが多く、ある程度のITの知識が必要でした。し
かし、ここ数年の間にいくつかのWebサービスが登場し、誰でも簡単に行うことができる
ようになりました。ここでは、筆者のようなIT初心者でも簡単に使えるWebサービス(無
料)を紹介いたします。なお、Webサービスの内容の詳細についてはここでは割愛させて
いただきます。

 細菌の種を区別する手法として昔から行われてきましたDNA-DNA相同性試験(DDH)の代
わりとして、ゲノム配列を用いたAverage Nucleotide Identity (ANI) やdigital DDH
(dDDH)が一般的に用いられるようになってきました。ANIの解析を行うWebサービスはい
くつかありますが、韓国のChunLab社が提供するEzBioCloudのANI Calculator
(https://www.ezbiocloud.net/tools/ani)は簡単に扱うことができます。dDDHは、ドイ
ツのDSMZが提供するGenome-to-Genome Distance Calculator 2.1(GGDC)
(http://ggdc.dsmz.de/distcalc2.php)で行うことができます。これらのWebサービスは、
原核生物の分類に関する論文の解析手法として多く使用されています。
 極めて近縁な分類群の系統関係の解明は、16S rRNA遺伝子塩基配列の解析では困難です
が、ゲノム配列では行うことができます。ドイツのDSMZのType(strain)Genome Server
(TYGS)は、任意の菌株のゲノム配列と既知のゲノム配列を比較解析し、その類縁性に基
づいた系統関係を示すことができます。解析時には、同時にGGDCで解析したdDDHの値も出
力されます。複数の遺伝子を用いた系統解析としてはMultilocus Sequence Analysis
(MLSA)という手法がありますが、ドイツのチューリンゲン大学らのグループのAutomated 
Multi-Locus Species Tree(http://automlst.ziemertlab.com/)では、自動的にゲノム
配列から対象となる遺伝子を抽出し、系統解析まで行ってくれます。この分析では同時に
ANI値も出力してくれます。
 全ての細菌の既知種基準株のゲノム配列が報告されたわけではありませんので、比較相
手となる種のゲノム配列が揃っていない場合もありますが、自分にあったWebサービスを
利用すると非常に便利ですし、そこから新たな知見が得られるかもしれません。

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 4.DBRPにおけるNEDOスマートセルプロジェクトのデータ公開のお知らせ
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 NBRCでは2019年6月から「生物資源データプラットフォーム」(Data and Biological  
Resource Platform:DBRP)を運用しています。DBRPは、5万株以上の微生物資源とその関
連情報(微生物の特性情報、オミックス情報など)を一元的に検索することができるデー
タプラットフォームです。
 DBRPでは、これまでNBRC株の情報や、企業、公設試験研究所が所有する菌株情報を公開
してきましたが、この度、2016年度から2020年度にかけて実施された新エネルギー・産業
技術総合開発機構(NEDO)の「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発事業」(以
下、NEDOスマートセルプロジェクト)の16の課題で得られたデータの提供を2021年6月11
日から開始します。NEDOスマートセルプロジェクトは、植物や微生物の細胞が持つ物質生
産能力を人工的に最大限引き出した細胞を構築し、有用物質生産を産業化することを目的
としたプロジェクトであり、今回公開する16課題のデータには、ゲノム、遺伝子発現量、
プロテオーム、メタボロームなど合わせて1262件の解析情報が含まれています。
 NEDOスマートセルプロジェクトで得られたこれらの有用な情報がDBRPで公開されること
で新たな価値が見いだされ、利活用が進むことでスマートセル技術による有用物質生産の
加速が期待されます。16課題の概要と2課題のデータはどなたでも閲覧することができ、
残りの14課題のデータは、解析を実施した機関の許諾を得た上で閲覧することが可能で
す※。
 スマートセルを活用した高機能品を生産することは、新たな産業「スマートセルインダ
ストリー」として注目されています。ご興味のある方は是非、DBRPをご活用ください。

※NEDOスマートセルプロジェクトのデータは、DBRPのタグリスト画面に表示される「プロ
ジェクト」のリスト(黄色いタグ、https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/taglist)をご覧
ください。また、解析を実施した機関の許諾が必要なデータの閲覧をご希望の場合は、
bio-dbrp@nite.go.jpまでご連絡ください。

【DBRPトップページ】 https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/top

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 5.「NBRCニュース」に関するアンケートへのご協力のお願い
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 本メールマガジンの読者のみなさまの満足度向上およびニーズ把握のため、「NBRC
ニュース」に関するアンケートサイトを開設いたしました。常時、開設しておりますの
で、本号に限らず、バックナンバーも含めて読んで思い立った時に遠慮なくご意見、ご要
望をお寄せください。ご協力よろしくお願い申し上げます。

【アンケート】
 https://reg34.smp.ne.jp/regist/is?SMPFORM=lena-lgphoi-0336c128737a455cffcdc30d1c6651b5
【NBRCニュースバックナンバー】
 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/others/nbrcnews/nbrcnews.html

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 6.NBRCの展示について
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 以下のイベントにて講演を行います。ぜひご参加ください。

2021年度第3回ABS講習会「産業利用を目的とした微生物資源の取得と利益配分」
 日時:2021年6月9日(水)14:00~15:00
 場所:Zoomウェビナー
 URL:http://nig-chizai.sakura.ne.jp/abs_tft/2021/05/14/3rd_abs_workshop2021/

第13回関西バイオ医療研究会
 日時:2021年7月2日(金)13:30~18:00(受付開始:13:00)
 場所:産業技術総合研究所・関西センターC-4棟2階第8会議室(大ホール)
    大阪府池田市緑丘1-8-31
 URL:https://www.aist.go.jp/kansai/ja/news/e20210702.html
 なお、NITE職員が行う講演は以下の2演題です。
  講演第三部「ものづくり」
  16:55 招待講演3 「鉱工業利用分野におけるカルタヘナ法規制の概要」
  17:15 招待講演4 「生物資源データプラットフォーム(DBRP)の全貌」

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 編集後記
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 今年度からNBRCニュースの編集長に就任いたしましたが、どのような記事が読者のみな
さまのお役に立てるのか日々悩んでおります。是非本号でご案内したアンケートから記事
へのご意見やご要望をお寄せいただけると幸いです。ユーザーの皆様に有益な情報をお届
けできるよう編集局一同、頑張って参りますので、引き続きNBRCニュースをよろしくお願
いいたします。(MH)

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 ・画像付きのバックナンバーを以下のサイトに掲載しております。受信アドレス変更、
  受信停止も以下のサイトからお手続きいただけます。
  https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/others/nbrcnews/nbrcnews.html
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  万が一間違えて配信されておりましたら、お手数ですが、下記のアドレスにご連絡
  ください。
 ・ご質問、転載のご要望など、NBRCニュースについてのお問い合わせは、下記のアド
  レスにご連絡ください。
 ・掲載内容は予告なく変更することがございます。掲載内容を許可なく複製・転載さ
  れることを禁止します。
 ・偶数月の1日(休日の場合はその前後)に配信します。第70号は2021年8月2日に配信
  予定です。

  編集・発行
   独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)バイオテクノロジーセンター(NBRC)
   NBRCニュース編集局(nbrcnews@nite.go.jp)
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お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  生物資源利用促進課
TEL:0438-20-5763  FAX:0438-52-2329
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