| Zalerion maritima | NBRC 8619, NBRC 32164 |
| Zalerion xylestrix | NBRC 7836 |
| Zancudomyces culisetae | NBRC 111172, NBRC 111173 |
| Zarea aleophila | NBRC 31179 |
| Zeaxanthinibacter enoshimensis | NBRC 101990T |
| Zhihengliuella aestuarii | NBRC 109060T |
| Zhihengliuella alba | NBRC 109061T |
| Zhihengliuella flava | NBRC 109021T |
| Zhihengliuella halotolerans | NBRC 107838T |
| Zhihengliuella salsuginis | NBRC 109062T |
| Zhongshania ponticola | NBRC 113193 |
| Zimmermannella alba | NBRC 15616T |
| Zobellia uliginosa | NBRC 14962T |
| Zoogloea oryzae | NBRC 102407T |
| Zoogloea ramigera | NBRC 15342T |
| Zopfiella erostrata | NBRC 109852 |
| Zopfiella karachiensis | NBRC 32902, NBRC 32903 |
| Zopfiella latipes | NBRC 9826, NBRC 30408, NBRC 30409 |
| Zopfiella leucotricha | NBRC 9828, NBRC 31819, NBRC 32848 |
| Zopfiella lundqvistii | NBRC 30585T, NBRC 30643, NBRC 30644, NBRC 30645, NBRC 30646, NBRC 30647, NBRC 30648, NBRC 30649, NBRC 30650, NBRC 30651, NBRC 30652 |
| Zopfiella marina | NBRC 30420T |
| Zopfiella matsushimae | NBRC 30217T |
| Zopfiella pilifera | NBRC 9558T |
| Zygoascus hellenicus | NBRC 1575T, NBRC 10183, NBRC 10184T, NBRC 10185, NBRC 10186, NBRC 10187, NBRC 10246, NBRC 10720 |
| Zygophiala jamaicensis | NBRC 31255, NBRC 31256, NBRC 31257, NBRC 31258, NBRC 31259, NBRC 31260, NBRC 31261, NBRC 31262, NBRC 31263, NBRC 31264, NBRC 31265, NBRC 31266, NBRC 31267, NBRC 31268, NBRC 31269, NBRC 31270, NBRC 31271, NBRC 31272, NBRC 31273, NBRC 31274, NBRC 31275, NBRC 31276, NBRC 31277 |
| Zygorhynchus californiensis | NBRC 6663T |
| Zygorhynchus exponens var. exponens | NBRC 6664T, NBRC 100515, NBRC 100517, NBRC 100518 |
| Zygorhynchus exponens var. smithii | NBRC 6665T |
| Zygorhynchus moelleri | NBRC 4832, NBRC 4833, NBRC 5305, NBRC 100516, NBRC 105999 |
| Zygosaccharomyces bailii | NBRC 0468, NBRC 0493, NBRC 0519, NBRC 1098T, NBRC 1137, NBRC 1611, NBRC 1801, NBRC 10667 |
| Zygosaccharomyces bisporus | NBRC 0467, NBRC 0723, NBRC 1131T, NBRC 1249, NBRC 1250, NBRC 1734, NBRC 1736, NBRC 1737 |
| Zygosaccharomyces kombuchaensis | NBRC 112840T |
| Zygosaccharomyces lentus | NBRC 111512T |
| Zygosaccharomyces mellis | NBRC 0485, NBRC 1055, NBRC 1615T, NBRC 1732, NBRC 101874, NBRC 101875, NBRC 101876 |
| Zygosaccharomyces parabailii | NBRC 1047T |
| Zygosaccharomyces pseudobailii | NBRC 0488T |
| Zygosaccharomyces rouxii | NBRC 0487, NBRC 0489, NBRC 0494, NBRC 0495, NBRC 0510, NBRC 0511, NBRC 0512, NBRC 0513, NBRC 0533, NBRC 0597, NBRC 0686, NBRC 0740, NBRC 0846, NBRC 1053, NBRC 1130T, NBRC 1252, NBRC 1730, NBRC 1733, NBRC 1813, NBRC 1814, NBRC 1877, NBRC 1914, NBRC 1960, NBRC 10652, NBRC 10653, NBRC 10654, NBRC 10655, NBRC 10656, NBRC 10657, NBRC 10658, NBRC 10659, NBRC 10660, NBRC 10669, NBRC 10670, NBRC 10671, NBRC 110957 |
| Zygosaccharomyces siamensis | NBRC 116063 |
| Zygosaccharomyces sp. | NBRC 0320, NBRC 0439, NBRC 0505, NBRC 0506, NBRC 0517, NBRC 0521, NBRC 0523, NBRC 0525, NBRC 0596, NBRC 0845, NBRC 1778, NBRC 1780, NBRC 1812, NBRC 1876, NBRC 1945, NBRC 10668, NBRC 10672, NBRC 11069, NBRC 11070, NBRC 11071, NBRC 105675, NBRC 105676, NBRC 115917 |
| Zygosporium gibbum | NBRC 30213 |
| Zygosporium masonii | NBRC 30214 |
| Zygosporium mycophilum | NBRC 9359, NBRC 32050 |
| Zygotorulaspora florentinus | NBRC 1088T, NBRC 1806, NBRC 1807, NBRC 1808, NBRC 1809, NBRC 1810, NBRC 1993, NBRC 11088 |
| Zygotorulaspora mrakii | NBRC 1835T |
| Zygozyma arxii | NBRC 10914T |
| Zygozyma oligophaga | NBRC 10360T |
| Zygozyma suomiensis | NBRC 10920T |
| Zymobacter palmae | NBRC 102412T |
| Zymomonas mobilis subsp. mobilis | NBRC 13756 |
| Zymomonas mobilis subsp. pomaceae | NBRC 13757T |
