バイオテクノロジー

NBRCニュース 第57号

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                      NBRCニュース No. 57(2019.6.3)
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 NBRCニュース第57号をお届けします。今号は久しぶりに掲載する「微生物の保存法」で、
長期保存が難しい菌根性のキノコの保存法をご紹介します。NBRCで試行錯誤の末、改良し
た手法で、今年論文発表いたしました。ぜひ最後までお読みいただければ幸いです。

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 内容
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 1.新たにご利用可能となった微生物株
 2.微生物の保存法(19)
    改良パーライト法による担子菌類の凍結保存法
 3.データ公開・提供開始等のお知らせ
   a.NBRC微生物カクテルの提供開始
   b.「生物資源データプラットフォーム」公開
    ~ワンストップで検索できるプラットフォームの提供~
 4.イベントのご案内
   a.NITE-東京農大連携シンポジウム
    「生物資源の観点から食の未来について考える」
   b.小・中・高校生向け体験教室
    ~夏休みに微生物を観察してみませんか?~
   c.NITEフレンドシップデイ2019
   d.NBRCの展示
 5.NBRC微生物実験講習会に関するアンケートのご協力のお願い(再掲)

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 1.新たにご利用可能となった微生物株
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◆ NBRC株
 糸状菌 1株、細菌 71株、アーキア 1株が新たにご利用可能となりました。
 糸状菌では、微細藻類絶対寄生性ツボカビ類 Collimyces mutans NBRC 113907を公開し
ました。本菌株は宿主藻類株 Microglena coccifera NBRC 113203と併せて分譲依頼をお
願いいたします。
 細菌では、日本人の皮膚から分離されたMoraxella属 2株(NBRC 113844及びNBRC 113899)、
Lactobacillus属 1株(NBRC 113825)、アクネ菌を含むCutibacterium属 9株(NBRC 113815NBRC 113816NBRC 113817NBRC 113818NBRC 113819NBRC 113869NBRC 113820NBRC 113821及びNBRC 113822)、他6属18株を公開しました。また、日本人の糞便から分
離されたBacteroides属 1株(NBRC 113350)、Clostridium属 1株(NBRC 113352)を公開
しました。マイクロバイオーム(微生物叢)研究をサポートするためにNBRCで収集・分離
した菌株です。このうちNBRC 113350及びNBRC 113352は5月21日に提供を開始したNBRC微
生物カクテルに使用しています。

【詳細】 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/nbrc/new_strain/new_dna.html

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 2.微生物の保存法(19)
   改良パーライト法による担子菌類の凍結保存法         (佐藤真則)
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 担子菌類の凍結保存法は寒天ディスク法(参考:微生物の保存法(2)一般的な糸状菌
の凍結保存法)がよく知られていますが、中にはこの方法では保存が困難な種が存在しま
す。例えばマツタケに代表される植物の根と共生関係を持つ菌根性の担子菌類の仲間では、
培地上での生育自体も遅く、凍結保存が困難なものが多いことが知られています。そこで
我々はHomolkaらが開発したパーライト法1)を参考に、改良パーライト法を開発しました。
パーライトとは鉱物 (本手法では真珠岩のものを使用)を高温で発泡させた多孔質の人
工軽石で、主に土壌改良材などの園芸資材として使われています。本手法はこれまで凍結
保存が困難とされたAmanita属(テングタケ属;NBRC 8263NBRC 8266NBRC 32788等)、
Kobayasia属(シラタマタケ属;NBRC 30352)、Lactarius属(チチタケ属;NBRC 32794NBRC 33155NBRC 33157等)、Sarcodon属(コウタケ属;NBRC 32814等)、Tricholoma属
(キシメジ属;NBRC 33143等)等について有効であることが示されました。ここではその
方法についてご紹介します。

◆準備
 2 mL凍結保存用チューブ(Thermo Fisher Scientific社製 カタログNo. 351934(Nunc
クライオチューブ), カタログNo. 363436(キャップ))に対して直径1 mmほどのパーラ
イト(三井金属鉱業社製等)0.3 gと液体培地(接種する菌種に適した培地)0.8 mLを入れ
てオートクレーブ滅菌します。
◆接種
 菌株を培養した寒天プレートから滅菌済ストローで菌糸を含む寒天片を打ち抜き、それ
を滅菌済竹串でチューブ内の培地に接種します。このとき菌が生育している面が培地に
浸ったパーライトに接するようにします。
◆培養
 接種した菌株の至適培養温度で、菌糸がチューブ内で十分増殖するまで培養します。培
養期間は菌株によって異なりますが、目視での観察でチューブ側面や底面に菌糸の増殖が
確認できることを目安にします。
◆凍結保護液の添加
 菌糸が十分増殖したら凍結保護液を添加します。凍結保護液は最終濃度が5%(v/v)ジ
メチルスルホキド(DMSO)+10%(w/v)トレハロースになるように、その3倍濃度の溶液
を0.4 mL添加します。この時1 mL容ピペットを用いてチューブ側面からチップの先端を
チューブの中央の深さまで差し込んで凍結保護液を添加します。その後培地と凍結保護液
が混ざるように静かに数回ピペッティングし、4℃で2日間静置します。
◆凍結
 フリージングコンテナ(Thermo Fisher Scientific社製Mr. Frosty、日本フリーザー社
製BICELL等)またはプログラムフリーザー(凍結速度:-1℃/分)を用いて緩慢凍結を行い
ます。
◆保存温度
 -80℃以下で保存します。液体窒素タンクがある場合は、より低温の方が保存性は一般
的によいため液体窒素タンク(気相)での保存をお勧めします。
◆復元方法
 30℃の温浴ですばやく融解します。融解後は5 mL以上の液体培地を入れた試験管に、滅
菌済スパーテルでチューブ内の菌体をパーライトごと入れて、凍結保護液をすすぎます。
その後プレート上に菌体をパーライトごとスパーテルですくい、プレート中央部において
培養します。この時、生育確認の観察時にパーライトが転がらないように、スパーテルの
ヘラで軽く押しつけて寒天培地にパーライトを少し埋め込ませ固定するようにします。菌
株によっては、凍結保護液をすすいだ際に菌体が残ったリンス液の方がプレートよりもよ
く生育する場合もありますので、はじめての菌株で復元する際には、リンス液を捨てずに
そのまま培養します。
 本法に関しましては、こちらの論文(Sato et al. (2019). Mycologia 111 (1), 161-
176)もご参考ください。
図 改良パーライト法
図1:パーライト写真(Bar=1mm)、図2:パーライトの電子顕微鏡写真、図3:接種時の様子、
図4:菌糸がチューブ内で十分に増殖した様子、図5:図4の拡大図、図6:パーライト表面で
の菌糸の増殖を示す電子顕微鏡写真

【参考文献】
 1) Homolka et al. (2001). Journal of Microbiological Methods 47 (3), 307-313.

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 3.データ公開・提供開始等のお知らせ
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   a.NBRC微生物カクテルの提供開始
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 NBRCではマイクロバイオーム(微生物叢)研究をサポートするために、国産初のマイク
ロバイオーム用計測レファレンス(測定時の基準となる参照物質)を開発し、2019年5月
21日から提供を開始しました。

 NBRC微生物カクテルは、マイクロバイオームを測定する際の計測レファレンスとして、
実験手法の妥当性を評価することができ、測定結果の信頼性の向上に有用です。また、作
業者のトレーニングや機器メンテナンス用のサンプルとしてもご利用できます。本カクテ
ルには、15種類のNBRC株の菌体(細胞)から構成された菌体カクテルと、DNAから構成さ
れたDNAカクテルの2種類があります。それぞれ等量の菌体またはDNAが混合されています。
本カクテルに混合された菌体は個別にご購入することができます。また、各株の全ゲノム
配列も公開されています。

(NBRC微生物カクテルの詳細)
1.菌体カクテル Cell-Mock-001
  内容量 :100 μL × 5本  ※容器には110 μL程度含む
  手数料 :29,500円(消費税・送料別)
  保存溶媒:15% グリセロール in リン酸緩衝生理食塩水(pH7.4)
  細胞数 :1×10E9細胞/100 μL
  保存形態:凍結(-80℃)

2.DNAカクテル DNA-Mock-001
  内容量 :20 μL
  手数料 :39,000円(消費税・送料別)
  保存溶媒:10 mM トリス塩酸緩衝液(pH8.5)
  濃度  :50 ng/μL
  保存形態:凍結(-80℃)

【NBRC微生物カクテルの提供】(ご購入の手続き)
 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/cocktail/index.html

【マイクロバイオーム】(NBRC微生物カクテルのラインナップと特徴など)
 https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/microbiome/index.html

【メタゲノム解析における計測レファレンスの必要性】(NBRCニュース第56号)
 https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/others/nbrcnews/news_vol56.html#news56_3

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   b.「生物資源データプラットフォーム」公開
    ~ワンストップで検索できるプラットフォームの提供~
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 NBRCでは、生物資源より得ることのできる様々な情報(分離源や採取地などの情報、文
献情報、物質の生産能といった生物の特性に関する情報、ゲノム情報などのオミックス情
報など)をリンクづけして集約することで、ワンストップな検索を可能とする基盤システ
ム「生物資源データプラットフォーム」を構築し、6月26日に公開する予定です。
 これまで生物資源の情報収集に複数のデータベースを別々に検索したことはありません
か。例えば、NBRCカタログに掲載されている菌株のゲノム配列の公開の有無を知るために
は、DDBJなど他のデータベースを検索する必要があります。また、論文で物質生産が報告
されている菌株を保存機関から入手したい場合は、保存機関のデータベースを検索する必
要があり、時間と手間がかかります。さらに、このような検索は、生物の学名や各機関で
運営されているデータベースの使い方に詳しくないと目的の情報にたどり着くのが難しく
なります。
 「生物資源データプラットフォーム」では、ワンストップな情報収集ができるだけでな
く、生物の学名などの専門用語を普段あまり使わない方にもお使いいただけるように“乳
酸菌”などの探しやすいキーワードからの検索や、採取地(国名、地名など)からの検索
も可能で、これまでよりも簡便に情報を収集することができます。
 今回は、NBRCが有する2万以上の菌株とその関連情報を公開する予定です。NBRC以外の
機関の情報も登録することができるため、将来的には企業・大学・公設試験研究機関など
の情報も登録し、公開していきたいと考えております。是非、微生物株に関する情報収集
にご活用ください。

 NBRCでは、現在、登録情報を募集中です。オープンイノベーションを見据え、現在使用
されていない企業のコレクションや先生の退官に伴い継続が難しくなった有用な菌株情報
など、役立ててほしい生物資源情報をお持ちの方は、お気軽にご連絡ください。詳細は
「生物資源データプラットフォーム」窓口(bio-dbrp@nite.go.jp)までお問い合わせく
ださい。

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 4.イベントのご案内
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   a.NITE-東京農大連携シンポジウム
    「生物資源の観点から食の未来について考える」
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 製品評価技術基盤機構(NITE)と東京農業大学は今年1月9日に包括的な連携に関する協
定を締結しました。そこで第一弾の連携事業として共同でシンポジウムを開催いたします。
東京農業大学の主要な研究テーマの一つである「食」を中心に、NITEがこれまで推進して
きた「生物資源の活用」によりもたらされる食の「安全性」「健康」「味覚」の未来像に
ついて考えるシンポジウムです。皆様のご参加をお待ちしております。

 日時:2019年7月5日(金)13:00~17:00
 場所:東京農業大学横井講堂
    (東京都世田谷区桜丘1-1-1)
 主催:NITE、東京農業大学

 ※詳細につきましては6月初旬頃にNITEのウェブページでお知らせする予定です。

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   b.小・中・高校生向け体験教室
    ~夏休みに微生物を観察してみませんか?~
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 NBRCは千葉県教育委員会が主催する「千葉県夢チャレンジ体験スクール」に協力してい
ます。今年の夏も、顕微鏡を自分で操作する等の体験を通じて、子供達が微生物の世界を
知り、慣れ親しんでもらえるような教室を開催します。夏休みに微生物を観察してみませ
んか?

○サイエンススクール
  日時:2019年7月22日(月)10:00~15:30
  場所:NITEバイオテクノロジーセンター
     (千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8)
  内容:身近な微生物の観察や微生物保存施設見学等
  対象:小学4~6年生(保護者同伴必須)
  募集人数:20名
  参加費用:45円

○科学・先端技術体験キャンプ
  日時:2019年7月25日(木)10:00~16:00
     (2019年7月26日(金)かずさDNA研究所で体験)
  場所:NITEバイオテクノロジーセンター
     (千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8)
  内容:身近な微生物の観察や培養、微生物保存施設見学等
  対象:中高生(保護者同伴可)
  募集人数:20名
  参加費用:90円

<申込方法>
 申し込み受付は千葉県が行います。申込方法等の詳細な情報は6月初旬頃に千葉県のウェ
ブページ「千葉県夢チャレンジ体験スクール」に掲載される予定です。ちば電子申請サー
ビスでご応募いただくか、申込用紙に必要事項をご記入の上、郵送またはFAXで千葉県教育
庁教育振興部生涯学習課「千葉県夢チャレンジ体験スクール係」までご応募ください。

 【参考】千葉県ウェブページ「千葉県夢チャレンジ体験スクール」
     https://www.pref.chiba.lg.jp/kyouiku/shougaku/career/taikenschool.html

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   c.NITEフレンドシップデイ2019
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 NITEの日頃の活動をみなさまに知っていただくために、今年もNITEフレンドシップデイ
を開催します。夏休み開始早々の日程となりますので、自由研究の早期終了に役立つかも
しれません。身近なものをテーマにした実験や工作・体験など、子どもから大人までみん
なが楽しめるイベントを計画中です。皆様のお越しをお待ちしています。

 日時:2019年7月20日(土)10:00~16:00
 場所:NITE
    (東京都渋谷区西原2-49-10)

【これまでのNITEフレンドシップデイの様子】
  https://www.nite.go.jp/nite/koho/event/friendship/index.html
 ※今年は大阪での開催はありません。

 ※イベントの詳細な内容につきましては6月下旬頃にNITEフレンドシップデイのウェブ
  ページでお知らせする予定です。

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   d.NBRCの展示
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 以下に出展いたします。ブースではお立ち寄りいただいた皆様からのご相談やご質問に
もお答えします。是非お越しください。

環境バイオテクノロジー学会2019大会
 日時:2019年6月15日(土)・16日(日)
 場所:大阪大学吹田キャンパス センテラスサロン
 URL :https://www.jseb.jp/news/2019meeting/

第23回腸内細菌学会
 日時:2019年6月18日(火)・19日(水)
 場所:タワーホール船堀
 URL :https://bifidus-fund.jp/meeting/index.shtml

学都「仙台・宮城」サイエンス・デイ2019
 日時:2019年7月14日(日)
 場所:東北大学川内北キャンパス 講義棟、M棟他
 URL :http://www.science-day.com/

産業技術支援フェア in KANSAI
 日時:2019年7月17日(水)
 場所:難波御堂筋ホール 10階(パネル展示)
 URL :https://www.aist.go.jp/kansai/sdgs.html

微生物ウィーク2019
 日時:2019年7月23日(火)~26日(金)
 場所:東京大学農学部 弥生講堂
 URL :http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/criim2018/event/201907/

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 5.NBRC微生物実験講習会に関するアンケートのご協力のお願い(再掲)
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 NBRCが実施している講習会のうち、微生物の基礎的な取扱いについての「NBRC微生物実
験講習会」の内容を、皆様のご要望に応じて改善することを検討しています。ご多忙中恐
れ入りますが、以下のURLのアンケートから、率直なご意見をお聞かせください。
※アンケート所要時間は1分程度です。

【URL】
https://reg34.smp.ne.jp/regist/is?SMPFORM=lena-lcpdmf-dc3c95b0eb34f431a7b0a37ff82156ff

【アンケート実施期間】2019年6月30日まで

※利便性や講習内容の充実のためアンケートへのご協力をお願いいたします。

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 編集後記
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 昔は飛石連休なんて言われていましたが、今年のゴールデンウィークは10連休という大
盤振る舞いのため、どのように過ごせばよいかちょっと悩んだりもしましたが、里山を散
策したり、「積ん読」していた本を読み始めたり、行きつけのお店で地元の魚を食したり、
とゆったりとした休日を過ごすことができました。葉桜の季節にお正月のような晴れやか
な雰囲気も感じられて、なんとも不思議な忘れがたい連休でした。(HS)

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 ・画像付きのバックナンバーを以下のサイトに掲載しております。受信アドレス変更、
  受信停止も以下のサイトからお手続きいただけます。
  https://www.nite.go.jp/nbrc/cultures/others/nbrcnews/nbrcnews.html
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  万が一間違えて配信されておりましたら、お手数ですが、下記のアドレスにご連絡
  ください。
 ・ご質問、転載のご要望など、NBRCニュースについてのお問い合わせは、下記のアド
  レスにご連絡ください。
 ・掲載内容は予告なく変更することがございます。掲載内容を許可なく複製・転載さ
  れることを禁止します。
 ・偶数月の1日(休日の場合はその前後)に配信します。第57号は2019年8月1日に配信
  予定です。

  編集・発行
    独立行政法人製品評価技術基盤機構(NITE)バイオテクノロジーセンター
    NBRCニュース編集局(nbrcnews@nite.go.jp)
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お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  生物資源利用促進課
TEL:0438-20-5763  FAX:0438-52-2329
住所:〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 地図
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