バイオテクノロジー

NBRC微生物カクテルのラインナップと特徴

 NBRCでは微生物叢(マイクロバイオーム)研究をサポートするために、国産初の「NBRC微生物カクテル」を開発し、2019年5月21日より提供を開始しました。
 NBRCから提供する微生物カクテルには、NBRC株の菌体(細胞)から構成された菌体カクテルと、DNAから構成されたDNAカクテルの2種類があります。それぞれ等量の菌体またはDNAが混合されており、計測用のレファレンスとして有効です。使用したNBRC株のゲノム配列は公開しています。

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NBRC微生物カクテルのラインナップ

菌体カクテル(Cell-Mock-001)

 菌体カクテルは15種のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
 DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコールの検証などにおすすめです。
 

DNAカクテル(DNA-Mock-001)

 DNAカクテルは、菌体カクテルの作製に使用した15株の純粋培養物からDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数を等量となるよう混合したものです。
 サイズやGC含量が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。

NBRC微生物カクテルに含まれる15種の微生物
学名 NBRC
番号
グラム
染色
ゲノム
サイズ(Mbp)
GC
含量

(%)
16S rRNA
コピー数
バイオ
セ-フティ
レベル
Bacillus subtilis subsp. subtilis 13719T 陽性 4.3 43.3 10 1
Bifidobacterium pseudocatenulatum 113353 陽性 2.3 56.4 5 1
Clostridium butyricum 13949T 陽性 4.7 28.8 11 1
Corynebacterium striatum 15291T 陽性 3.1 59.1 4 1*
Cutibacterium acnes subsp. acnes 107605T 陽性 2.5 60.0 3 1*
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii  3202T 陽性 1.9 50.1 8 1
Staphylococcus epidermidis 100911T 陽性 2.4 32.3 6 1
Streptococcus mutans 13955T 陽性 2.0 36.9 5 1
Acinetobacter radioresistens 102413T 陰性 3.4 41.4 6 1
Bacteroides uniformis 113350 陰性 5.0 46.2 4 1*
Clostridium clostridioforme 113352 陰性 5.7 48.9 5 1*
Comamonas terrigena 13299T 陰性 4.7 65.0 7 1
Escherichia coli  (K-12株) 3301 陰性 4.8 50.7 7 1
Parabacteroides distasonis 113806 陰性 5.2 45.0 7 1
Pseudomonas putida 14164T 陰性 6.2 62.3 7 1*

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NBRC微生物カクテルの特徴

 ●幅広い分類群をカバーした15種の細菌株を使用
 ●様々な環境(腸内、口腔内、皮膚、自然環境)から検出される種を使用
 ●DNA抽出が困難なグラム陽性菌と抽出が容易な陰性菌をバランス良く混合
 ●16S rRNA遺伝子のコピー数、ゲノムサイズ、GC含量が多様
 ●カクテル構成株の全ゲノム配列が入手可能
 ●カクテル構成株はNBRC株として入手可能

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NBRC微生物カクテルの品質確認

 NBRC微生物カクテルのうち菌体カクテルに使用した微生物株の細胞数は、フローサイトメーターを用いて計測しています。製造後のNBRC微生物カクテルはデジタルPCRと次世代シーケンサーを使用した解析を実施しています。尚、デジタルPCRを用いて、同一ロット内での株ごとの均質性(株ごとの検出割合(%)の変動幅)が2%以下であることを確認しています。デジタルPCRによる検証結果グラフ
 

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アプリケーション例

 NBRC微生物カクテルは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー調製試薬等の評価をはじめとしたプロトコールの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。
【使用例】
 ●プロトコール(方法・試薬)の確認
 ●SOP(標準手順書)のバリデーション
 ●試薬・装置の開発
 ●模擬微生物叢
 ●作業者の教育訓練

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入手のための手数料について

 現在、提供しているNBRC微生物カクテルは以下の2種類です。

製品名 菌体カクテル Cell-Mock-001 DNAカクテル DNA-Mock-001
内容量 100 µL※1 × 5本 20 µL
手数料 ¥29,500 ¥39,000
保存溶媒 15 % glycerol in PBS (pH7.4) 10 mM Tris - HCl(pH8.5)
含有量 細胞数 : 1x109  細胞 / 100 µL 濃度 : 50 ng/µL
保存形態 凍結(-80℃)※2 凍結(-80℃)※2

※1:菌体カクテルの容器には110 µL程度入っています。
※2:入手後は-80℃のフリーザーで、凍結保存を行ってください。
・手数料は送料を含みません(送料着払いにて送付いたします。)。
・国内への提供の場合は、消費税を手数料に加算します。
・振込手数料は依頼者様がご負担ください。

お問い合わせ

独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  産業連携推進課
TEL:0438-20-5764  FAX:0438-20-5582
住所:〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足2-5-8 地図
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