バイオテクノロジー

NBRC微生物カクテルのラインナップと特徴

 NBRCでは微生物叢(マイクロバイオーム)研究をサポートするために、国産初の「NBRC微生物カクテル」を開発し、2019年5月21日より提供を開始しました。
 NBRC微生物カクテルには、NBRC株の菌体(細胞)から構成された菌体カクテルと、DNAから構成されたDNAカクテルの2種類があります。それぞれ等量の菌体またはDNAが混合されており、計測用のレファレンスとして有効です。使用したNBRC株のゲノム配列は公開しています。
 

改良版NBRC微生物カクテルの提供のお知らせ

 弊機構では2019年5月21日よりNBRC微生物カクテル(Cell-Mock-001, DNA-Mock-001)を提供しておりますが、このたび、細胞数測定方法等の製造工程の改良及び一部の構成微生物の変更を行い、より高品質となった改良版NBRC微生物カクテル(Cell-Mock-002,  DNA-Mock-002)を開発いたしました。また、品質検証方法を見直すことにより、手数料を従来のNBRC微生物カクテルより安価に設定することができました。
 なお、改良版NBRC微生物カクテルの提供開始に伴い、従来版NBRC微生物カクテル(Cell-Mock-001, DNA-Mock-001)の提供を、9月30日をもって終了いたします。
 NBRC微生物カクテルをご利用の皆様には、何卒ご理解をいただきますようお願い申し上げます。
 現行版と変更となる点は以下のとおりです。
 
 
■ 改良版NBRC微生物カクテル(菌体カクテル:Cell-Mock-002)

  従来版(Cell-Mock-001) 改良版(Cell-Mock-002)
内容量  100 μL×5本
手数料 32,450円(税込み) 23,650円(税込み)
保存溶媒 15% glycerol in PBS (pH7.4)
含有量
(細胞数)
1×109 細胞/100 µL 4×109 細胞/100 µL
保存形態 凍結(-80℃)
細胞数測定方法 フローサイトメーター HPLC法*1
構成株
(変更する株のみ抜粋)
Cutibacterium acnes subsp. acnes NBRC 107605T Cutibacterium acnes subsp. acnes NBRC 113869
Staphylococcus epidermidis NBRC 100911T Staphylococcus epidermidis NBRC 113846
品質検証方法 デジタルPCR ショットガンシーケンス

 *1:Tourlousse DM et al. Microbiology Spectrum. 2022; 10(2): e01915-21.

変更理由 
 2022年1月に提供を開始したNBRCヒト常在微生物カクテル開発では構成微生物の混合方法を改良し、これを今回の改良版NBRC微生物カクテルの製造にも適用しました。改良版では、混合比率の実測値が従来版と比較して理論値により近づき、製造時のばらつきを抑えることに成功しています。また、NBRCヒト常在微生物カクテルと改良版NBRC微生物カクテルに共通する種を同じ株にするため、上記表のとおり一部の株の変更を行いました。


■ 改良版NBRC微生物カクテル(DNAカクテル:DNA-Mock-002)
  従来版(DNA-Mock-001) 改良版(DNA-Mock-002)
内容量 20 µL × 1本 30 µL × 1本
手数料 43,120円(税込み) 26,840円(税込み)
保存溶媒 10 mM Tris-HCl (pH8.5)
含有量
(DNA濃度)
50 ng/µL
保存形態 凍結(-80℃)
構成株
(変更する株のみ抜粋)
Cutibacterium acnes subsp. acnes NBRC 107605T Cutibacterium acnes subsp. acnes NBRC 113869
Staphylococcus epidermidis NBRC 100911T Staphylococcus epidermidis NBRC 113846
品質検証方法 デジタルPCR ショットガンシーケンス

変更理由
 菌体カクテル(Cell-Mock-002)の構成株に合わせました。

■従来版NBRC微生物カクテル(菌体カクテル:Cell-Mock-001、DNAカクテル:DNA-Mock-001)の提供終了について       
 従来版NBRC微生物カクテル(Cell-Mock-001及びDNA-Mock-001)につきましては、本年9月30日をもって提供を終了いたします。ただし、標品の在庫がなくなり次第、提供は終了させていただきます。

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NBRC微生物カクテルのラインナップ

改良版NBRC微生物カクテル(Cell-Mock-002, DNA-Mock-002)

  • 菌体カクテル(Cell-Mock-002)
 菌体カクテルは15種のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
 DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコールの検証などにおすすめです。

現在提供中のロット  
  • DNAカクテル(Cell-Mock-002)
 DNAカクテルは、菌体カクテルの作製に使用した15株の純粋培養物からDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数を等量となるよう混合したものです。
 サイズやGC含量が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。

現在提供中のロット
※1:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16SrRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析)の結果を公開しています。

改良版NBRC微生物カクテルに含まれる15種の微生物
学名 NBRC
番号
グラム
染色
ゲノム
サイズ(Mbp)
GC
含量

(%)
16S rRNA
コピー数
バイオ
セ-フティ
レベル
Bacillus subtilis subsp. subtilis 13719T 陽性 4.3 43.3 10 1
Bifidobacterium pseudocatenulatum 113353 陽性 2.3 56.4 5 1
Clostridium butyricum 13949T 陽性 4.7 28.8 11 1
Corynebacterium striatum 15291T 陽性 3.1 59.1 4 1*
Cutibacterium acnes subsp. acnes 113869 陽性 2.5 60.0 3 1*
Enterocloster clostridioformis 113352 陽性 5.7 48.9 5 1*
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii  3202T 陽性 1.9 50.1 8 1
Staphylococcus epidermidis 113846 陽性 2.4 32.3 6 1*
Streptococcus mutans 13955T 陽性 2.0 36.9 5 1*
Acinetobacter radioresistens 102413T 陰性 3.4 41.4 6 1*
Bacteroides uniformis 113350 陰性 5.0 46.2 4 1*
Comamonas terrigena 13299T 陰性 4.7 65.0 7 1*
Escherichia coli  (K-12株) 3301 陰性 4.8 50.7 7 1
Parabacteroides distasonis 113806 陰性 5.2 45.0 7 1*
Pseudomonas putida 14164T 陰性 6.2 62.3 7 1*

従来版NBRC微生物カクテル(Cell-Mock-001, DNA-Mock-001)

  • 菌体カクテル(Cell-Mock-001)
 菌体カクテルは15種のNBRC株を純粋培養し、それぞれの細胞数が等量となるよう混合したものです。
 DNA抽出効率が異なるグラム陽性/陰性菌を混合しているため、DNA抽出における試薬の検討や一連の実験工程を通したプロトコールの検証などにおすすめです。

現在提供中のロット 過去提供していたロット  
  • DNAカクテル(Cell-Mock-001)
 DNAカクテルは、菌体カクテルの作製に使用した15株の純粋培養物からDNAを抽出し、それぞれのゲノムDNAのコピー数を等量となるよう混合したものです。
 サイズやGC含量が異なるゲノムを混合しているため、シーケンスライブラリーの調製方法やデータ解析方法の検証などにおすすめです。

現在提供中のロット
過去提供していたロット
※1:データシートでは各ロットにおける検証結果(ddPCRを用いた検出割合)や使用例(16SrRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析)の結果を公開しています。
従来版NBRC微生物カクテルに含まれる15種の微生物
学名 NBRC
番号
グラム
染色
ゲノム
サイズ(Mbp)
GC
含量

(%)
16S rRNA
コピー数
バイオ
セ-フティ
レベル
Bacillus subtilis subsp. subtilis 13719T 陽性 4.3 43.3 10 1
Bifidobacterium pseudocatenulatum 113353 陽性 2.3 56.4 5 1
Clostridium butyricum 13949T 陽性 4.7 28.8 11 1
Corynebacterium striatum 15291T 陽性 3.1 59.1 4 1*
Cutibacterium acnes subsp. acnes 107605T 陽性 2.5 60.0 3 1*
Enterocloster clostridioformis 113352 陽性 5.7 48.9 5 1*
Lactobacillus delbrueckii subsp. delbrueckii  3202T 陽性 1.9 50.1 8 1
Staphylococcus epidermidis 100911T 陽性 2.4 32.3 6 1*
Streptococcus mutans 13955T 陽性 2.0 36.9 5 1*
Acinetobacter radioresistens 102413T 陰性 3.4 41.4 6 1*
Bacteroides uniformis 113350 陰性 5.0 46.2 4 1*
Comamonas terrigena 13299T 陰性 4.7 65.0 7 1*
Escherichia coli  (K-12株) 3301 陰性 4.8 50.7 7 1
Parabacteroides distasonis 113806 陰性 5.2 45.0 7 1*
Pseudomonas putida 14164T 陰性 6.2 62.3 7 1*

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NBRC微生物カクテルの特徴

 ●幅広い分類群をカバーした15種の細菌株を使用
 ●様々な環境(腸内、口腔内、皮膚、自然環境)から検出される種を使用
 ●DNA抽出が困難なグラム陽性菌と抽出が容易な陰性菌をバランス良く混合
 ●16S rRNA遺伝子のコピー数、ゲノムサイズ、GC含量が多様
 ●カクテル構成株の全ゲノム配列が入手可能
 ●カクテル構成株はNBRC株として入手可能

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NBRC微生物カクテルの品質確認

  • Mock-002(Cell-Mock-002, DNA-Mock-002)の品質確認
 NBRC微生物カクテルのうち菌体カクテルに使用した微生物の細胞数は、HPLC法を用いて計測しています。製造後のNBRC微生物カクテルは提供するロットごとにショットガンシーケンスにより構成菌株の割合を検証し、NITEが定めた品質基準値を達成しているか確認しています。
ショットガンシーケンスによる検証結果グラフ

  • Mock-001(Cell-Mock-001, DNA-Mock-001)の品質確認
 NBRC微生物カクテルのうち菌体カクテルに使用した微生物株の細胞数は、フローサイトメーターを用いて計測しています。製造後のNBRC微生物カクテルはデジタルPCRと次世代シーケンサーを使用した解析を実施しています。尚、デジタルPCRを用いて、同一ロット内での株ごとの均質性(株ごとの検出割合(%)の変動幅)が2%以下であることを確認しています。デジタルPCRによる検証結果グラフ
 

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アプリケーション例

 NBRC微生物カクテルは、試料からのDNA 抽出方法、アンプリコンシーケンス解析に用いるプライマーの選定やライブラリー調製試薬等の評価をはじめとしたプロトコールの確認、作業者間の手技の確認や新規作業者のトレーニングなどにお使い頂けます。

【利用例】
 ●菌叢解析におけるコントロール
 ●試薬・キットの開発における疑似サンプル
 ●事業所・作業者ごとの精度管理用サンプル
 ●プロトコール(方法・試薬)の確認
 ●SOP(標準手順書)のバリデーション
 ●試薬・装置の開発
 ●模擬微生物叢
 ●作業者の教育訓練

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入手のための手数料について

 現在、提供しているNBRC微生物カクテルは以下4種類です。

製品名 菌体カクテル Cell-Mock-002 DNAカクテル DNA-Mock-002
内容量 100 µL × 5本 30 µL
手数料 ¥23,650 ¥26,840
保存溶媒 15% glycerol in PBS (pH7.4) 10 mM Tris-HCl(pH8.5)
含有量 細胞数 : 4x109  細胞/100 µL 濃度 : 50 ng/µL
保存形態 凍結(-80℃)※3 凍結(-80℃)※3
データシート※1 210701KC  提供中のロット
(2021.7製造)
210801KD  提供中のロット
(2021.8製造)
 
製品名 菌体カクテル Cell-Mock-001 DNAカクテル DNA-Mock-001
内容量 100 µL × 5本 20 µL
手数料 ¥32,450 ¥43,120
保存溶媒 15% glycerol in PBS (pH7.4) 10 mM Tris-HCl(pH8.5)
含有量 細胞数 : 1x109  細胞/100 µL 濃度 : 50 ng/µL
保存形態 凍結(-80℃)※3 凍結(-80℃)※3
データシート※2 BK1912001  提供中のロット
(2019.12製造)
BK1906001 (2019.6製造)
BK1902001 (2019.2製造)
BK1912D01  提供中のロット
(2019.12製造)
BK1903D01 (2019.3製造)
 
詳細は手数料・消費税率改定のお知らせをご覧ください。
  • ※1:データシートでは各ロットにおける検証結果(ショットガンシーケンスを用いた検出割合)や使用例(16SrRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析)の結果を公開しています。
  • ※2:データシートでは各ロットにおける検証結果(ddPCRを用いた検出割合)や使用例(16SrRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析)の結果を公開しています。
  • ※3:入手後は-80℃のフリーザーで、凍結保存を行ってください。
  •   ・手数料は送料を含みません(送料着払いにて送付します)。
  •   ・振込手数料は依頼者様がご負担ください。

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