生物資源データプラットフォーム (DBRP)の公開
NITEでは、生物資源とその関連情報（生物の特性情報、オミックス情報など）が利用可能な生物資源データプラットフォーム（Data and Biological Resource Platform = DBRP）を公開しました。
NBRCが保有する６万株以上の微生物に関連した情報を搭載しており、今後も情報を追加していく予定です。
カビ（Aspergillus属）のアレルゲン探索データを公開しました。（2024年3月27日）
Aspergillus fumigatus NBRC 113945のプロテオーム解析と既知アレルゲンの探索を実施しました。 ※本事業は、藤田医科大学医学部とNITEの共同研究の一環で実施しました。 プロジェクト詳細は、こちらからご覧ください。 ・［DBRP］プロテオーム解析_Aspergillus fumigatus NBRC 113945抗真菌物質を生産する放線菌のデータを公開しました。（2024年3月27日）
希少放線菌から培養抽出物を調製し、その抗真菌活性などを測定しました。 ※本事業は、科研製薬株式会社とNITEの共同研究の一環で実施しました。 DBRPに登録したデータは、こちらからご覧ください。 ・［DBRP］抗真菌活性物質を生産する希少放線菌株の探索NBRC株のデータを更新しました。（2024年3月27日）
NBRC株のデータを更新し、531件の株情報や、629件の解析情報などを追加しました。 更新したNBRC株コレクションのデータはこちらからご覧ください。 ・［DBRP］NBRC株DBRPの概要
- ・NBRCが保有する生物資源に対して蓄積された豊富なデータに加えて、物質生産や薬剤耐性などの特性情報や文献情報、およびゲノムなどのオミックス情報といった様々な情報を関連するデータベースから収集し生物資源にひもづけて、一元化しています。これにより、生物資源に関する様々な情報をまとめて検索することができ、効率的な情報収集が可能です。
- ・登録データの日本語化を推進しており、「乳酸菌」などの一般的なキーワードで検索できます。採取地（国名、地名）、分離源（食品由来など）からの検索や、データの種類（ゲノム情報、画像情報など）を選択しての検索もできます。
- ・様々な機関の生物資源とその情報の登録機能を有しています。企業、大学、公的機関などからの生物資源情報の登録を受け付けております。
- ・詳細については、[DBRP] DBRPとはをご覧ください。
ご利用は以下のバナーからお入りください。
DBRP Stanza の概要
DBRP Stanzaは、NBDC RDF Portal＊に登録されているNBRC株と理化学研究所のJCM株の生物資源データを、統合的に検索できるWebアプリケーションです。ご利用は、DBRP Stanza からお入りください。
＊NBDC RDF Portal：生命科学分野のRDF形式によるデータベースを集約したポータルサイト
過去のお知らせ
岐阜大学のGCMR（GTC株）のデータを公開しました。（2024年2月21日）
国立大学法人東海国立大学機構 岐阜大学高等研究院 微生物遺伝資源保存センター（GCMR）が保有するGTC株の情報を公開しました。 これは、病原性、薬剤耐性、有用生産物など、細菌に特化した病原微生物のコレクションです。DBRPでは3,320件の株情報とその関連情報（属性情報など）を公開しています。 DBRPに登録したGCMR（GTC株）コレクションのデータはこちらからご覧ください。 ・［DBRP］GCMR（GTC株）山形県工業技術センター有用株に微生物データを追加しました。（2024年1月31日)
「山形県工業技術センター有用株」に微生物のデータ（微生物株情報1件) を追加しました。 DBRPに登録した微生物1株のデータは、こちらからご覧ください。 ・S110 Lactococcus lactis財団法人発酵研究所で取得されたIFO株（現在はNBRC株）の生理・生化学試験データを公開しました。（2024年1月31日）
2002年に公益財団法人発酵研究所（IFO）から移管されたNBRC株の一部の細菌について、発酵研究所が菌株所有時に調査した表現性状に関する記録と光学顕微鏡画像の電子データ化を行い、解析情報として掲載しました。 DBRPに登録したNBRC株の表現性状データは、こちらからご覧下さい。 ・財団法人発酵研究所で取得されたIFO株（現在はNBRC株）の生理・生化学試験データ山形県工業技術センター有用株のデータを公開しました。（2023年11月8日）
この度、山形県工業技術センターが試験・研究により取得した有用株のデータを公開しました。 これらの有用株は、食品等への応用試験において成績が良好な株を選抜したものです。 微生物株情報や関連する論文、画像情報の他、DBRPの特性情報に「山形県_食品製造」の情報が掲載されています。 DBRPに登録した山形県工業技術センター有用株のデータは、こちらからご覧下さい。 ・山形県工業技術センター有用株鳥取大学TUFC菌株（きのこ）の微生物データを追加しました。（2023年10月25日）
鳥取大学農学部附属 菌類きのこ遺伝資源研究センターの「TUFC菌株（きのこ）コレクション」に微生物184株と関連する文献情報のデータを追加しました。DBRPに登録したTUFC菌株（きのこ）コレクションのデータはこちらからご覧ください。
・［DBRP］TUFC菌株（きのこ）
国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）のデータを公開しました。（2023年10月5日）
この度、国立研究開発法人海洋研究開発機構（JAMSTEC）が深海から採取した微生物の情報を公開しました。深海の極限環境に生息する微生物は、陸上の微生物とは異なる固有の生存戦略を有し、様々なイノベーションの源泉としての活用が期待されています。今回、公開した微生物株は、日本領海及び排他的経済水域（EEZ）内から採取したものであり日本国内の民間企業、大学、研究機関に広く提供しています。DBRPに登録したJAMSTEC株コレクションのデータは、 こちらからご覧ください。
RD株のデータを更新しました。（2023年8月23日）
リパーゼ活性情報を付与したRD株低温性酵母等のデータを追加し、全情報数は134,440件（微生物株情報58,576件、解析情報41,532件 他）となりました。 DBRPに登録したRD株のデータは、こちらからご覧ください。RD株の国内由来株と海外由来株のリストをDBRPからダウンロードできるようになりました。（2023年8月23日）
提供可能なRD株のリストをDBRPからダウンロードできるようになりました。 ･国内由来のRD株リスト ･海外由来のRD株リスト株式会社Seed Bankのコレクションを公開しました。（2023年7月19日）
この度、株式会社Seed BankのコレクションSeedBankライブラリの情報を公開しました。 SeedBankライブラリでは様々な系統の藻類が保存されており、ほぼ全てのグループに属する微細藻類をカバーしています。 DBRPではSeedBankライブラリの一部の情報を掲載しています。 DBRPに登録したSeedBankライブラリのデータはこちらからご覧ください。 ･SeedBankライブラリRD株のデータを更新しました。（2023年7月19日）
RD株のデータを更新し、全情報件数は134,212件（微生物株情報58,468件、解析情報41,421件 他）となりました。 DBRPに登録したRD株のデータは、こちらからご覧下さい。セレウス菌グループに着目したデータベース cereco を公開しました。（2023年7月19日）
セレウス菌グループに関する情報収集と質量分析計による同定を支援するシステムである「cereco（セレコ）」を公開しました。 cerecoは、質量分析計によるセレウス菌グループの同定を簡便に行うことを支援するツールと、DBRPに登録された既存のセレウス菌に関連する情報等を収集できるシステムで構成されています。 ご利用には、DBRPの制限公開データ閲覧のためのアカウントが必要です。アカウント作成については、下記、制限公開データ閲覧のための手続きをご参照ください。 ～cereco ログイン画面～ https://www.nite.go.jp/nbrc/cereco/login ～制限公開データ閲覧のための手続き～ https://www.nite.go.jp/nbrc/genome/db/dbrp_howtoaccess.html 本事業は、戦略的イノベーション創造プログラム（SIP）「スマートバイオ産業・農業基盤技術」（管理法人：生研支援センター）によって実施されました。NITE保有株の5L培養データを追加しました。（2023年6月21日）
NBRC株(3株)の培養データ(解析情報3件、実験情報3件)を公開しました。 DBRPに登録した培養データは、以下となります。 ・Lipomyces starkeyi NBRC 10381の5L培養結果・Scheffersomyces stipitis NBRC 1687の5L培養結果
・Rhodococcus erythropolis NBRC 100887の5L培養結果
NBRC株の解析データを公開しました。（2023年6月21日）
NBRC株 解析データ（ゲノム情報214件、バクテリアの画像情報760件)を追加しました。RD株を更新しました。（2023年5月24日）
RD株のデータを更新し、全情報数は133,426件（微生物株情報58,440件、文献情報7,749件、解析情報40,679件 他）となりました。DBRPに登録したRD株のデータは、こちらからご覧ください。
パナック株式会社との共同事業で得られた細胞外多糖類（EPS）のデータを公開しました。（2023年4月26日）
パナック株式会社（旧社名：パナックアドバンス株式会社）との共同事業により、NITEが保有する多糖類産生能をもつ微細藻類とその関連情報を公開しました。DBRPに登録した「細胞外多糖類（EPS）を産生する藻株のスクリーニングとEPSの商業利用に向けた大量培養及びEPSの生理活性機能の研究に関する共同事業」のデータはこちらからご覧ください。
細胞外多糖類（EPS）データの詳細についてはこちらをご覧ください。
しずおか有用微生物ライブラリーの微生物データを追加しました。（2023年4月26日）
静岡県の「しずおか有用微生物ライブラリー」コレクションに、カキ果実から分離された乳酸菌の微生物1株のデータを追加しました。 DBRPに登録した微生物1株のデータは、こちらからご覧ください。 ・TIG-0429 Lacticaseibacillus caseiMALDI-TOF MSのデータを制限公開しました。（2023年3月29日）
DBRP ではNBRC株（266株）とRD株（6株）のMALDI-TOF MSのデータを制限公開しました。公開したデータは、微生物同定用ライブラリー（指紋判定法）データと生データの2種類あります。
登録したプロジェクトは、以下のとおりです。
・プロジェクト（黄麹菌類縁菌_MALDIデータ（for SARAMIS））
・プロジェクト（Lactobacillus_MALDIデータ（for SARAMIS））
・プロジェクト（黄麹菌類縁菌_MALDIデータ（for Biotyper）
・プロジェクト（Lactobacillus_MALDIデータ（for Biotyper））
MALDI-TOF MS 生データの提供の詳細についてはこちらをご覧ください。
MALDI-TOF MS微生物同定用ライブラリー（指紋判定法）の提供については、こちらをご覧ください。
NBRC株情報を更新しました。（2022年11月24日）
NBRC株のデータを更新し、全情報数は100,580件（微生物株情報 58,134件、文献情報7,715件、解析情報8,795件 他）となりました。データのリンク表示をリニューアルしました。（2022年9月29日）
DBRPの各情報ページ下部にある「このデータにリンクしている情報」の表示をリニューアルしました。DBRPでは、10種類の情報を収録しており、微生物株情報を起点に各種情報をリンクしています。
今回のリニューアルでは、リスト表示からグラフィカルな表示に変更することで、視覚的に関連する情報量やリンク状況を把握することができるようになりました。（DBRP画面イメージ DBRP微生物株情報画面 参照)
DBRPの検索機能を強化しました。（2022年6月23日）
DBRPに2つの検索機能を追加しました。 ① 絞り込み検索 検索結果に対し、分離源や酸素要求性、属名など複数のプルダウンメニューでの絞り込みができるようになりました。 ② 同義語検索 DBRPに同義語辞書※を搭載いたしました。今までは検索窓に入力した検索語そのままで検索していましたが、検索語に対応する類義語でも自動的に検索し、結果が表示されるようになりました。 例）「ワイン」を検索するとカタカナの「ワイン」の記載のあるデータのみが検索結果として表示されていましたが、今回の改良により「wine」の検索結果も併せて表示されるようになりました。 ※ 同義語辞書は、ライフサイエンス辞書プロジェクト（http://www.life-science-dictionary.com）で得られた研究成果を利用しています。DBRPの検索画面をリニューアルしました。（2022年5月25日）
ユーザーの皆様から寄せられた「検索窓の用途が分かりにくい」というご意見をもとにDBRPの検索画面をリニューアルしました。 リニューアルした検索画面では、どのような検索ができるのかという説明を記載し、検索メニューの配置を整理しました。また、使いやすいサイトになるよう全体的にメニューの配置を変更し、かつ青地に黄色いゾウが印象的だった画面から、黄色いゾウも少し形を変え緑色を基調とした画面へと一新しております。 今後もユーザーの皆様のご意見を積極的に取り入れることで、ユーザーの皆様の利便性を高める取り組みを続けてまいります。味の素株式会社ライブラリの16S rDNA配列の相同性検索（BLAST）データセットを追加しました。（2022年5月25日）
味の素株式会社のコレクション「AJ株 粘液細菌ライブラリ」と「AJ株 水生不完全菌ライブラリ」に、菌種の簡易識別などに利用されている16Sリボソームタンパク質の塩基配列が新たに追加されました。これを受けて、今回追加された配列（データセット）とお手持ちの配列との相同性検索（BLAST）ができるようになりました。登録された各配列情報は閲覧することもできます。
鳥取大学TUFC菌株（きのこ）コレクションを公開しました（2022年3月2日）
この度、鳥取大学農学部附属 菌類きのこ遺伝資源研究センターの「TUFC菌株（きのこ）コレクション (Tottori University Fungal Culture Collection)」の情報を公開しました。これは、DBRPにおいて初となる大学が所有する菌株データの公開となります。TUFC菌株（きのこ）コレクションは、コウヤクタケ類やサルノコシカケ類、キクラゲ類などの国産木材腐朽性の野生きのこを中心として、菌根性のハラタケ類も含んでおり、採集日や同定者といった情報が明確な菌株で構成される日本最大級のきのこ菌株コレクションです。DBRPでは1839件の株情報とその関連情報（文献情報など）を公開しています。
DBRPに登録したTUFC菌株（きのこ）コレクションのデータはこちらからご覧ください。
・［DBRP］TUFC菌株（きのこ）
利用規約を一部更新しました。（2022年3月2日）
DBRPにおけるGoogle Analyticsの情報収集範囲の変更に伴い、「生物資源データプラットフォーム利用規約 11. Google Analyticsの利用について」を以下のとおり変更しました。○変更前
DBRPでは、DBRPの利用状況を把握し、ユーザビリティを向上させることを目的として、Google社の提供するGoogle Analyticsを利用します。
○変更後（下線部が変更箇所）
DBRPでは、制限公開とするページを除き、DBRPの利用状況を把握し、ユーザビリティを向上させることを目的として、Google社の提供するGoogle Analyticsを利用します。
NITE保有株の免疫活性データとNBRC株の更新データを公開しました。（2021年11月30日）
・NITEが保有する乳酸菌、腸内細菌の一部について、免疫活性の評価結果のデータを公開しました。DBRPに登録した免疫活性データは、こちらからご覧ください。
・腸内細菌の免疫活性結果
・乳酸菌の免疫活性結果
・腸内細菌の短鎖脂肪酸生産量
・NBRC株のデータを更新し、686件の株情報や、588件の古細菌、放線菌の画像などを追加しました。
・NBRC株アルファベットリストを追加しました。DBRPに登録しているNBRC株を一覧でご覧いただけます。
和歌山県の酵母5株のデータを追加しました。（2021年8月11日）
和歌山県の「和歌山県工業技術センター保有微生物資源」コレクションを新たに追加し、リンゴのような香りを有する物質「カプロン酸エチル」を生産する株など酵母5株のデータを追加しました。
DBRPに登録した「和歌山県工業技術センター保有微生物資源」のデータは、こちらからご覧ください。
・［DBRP］和歌山県工業技術センター保有微生物資源
NEDOスマートセルプロジェクトで得られた解析データを公開しました。（2021年6月11日）（2021年6月8日）
この度、2016年度から2020年度にかけて実施された新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）の「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発事業」（NEDOスマートセルプロジェクト）の16の課題で得られたデータの公開を開始しました。NEDOスマートセルプロジェクトは、植物や微生物の細胞が持つ物質生産能力を人工的に最大限引き出した細胞を構築し、有用物質生産を産業化することを目的としたプロジェクトであり、今回公開する16課題のデータには、ゲノム、遺伝子発現量、プロテオーム、メタボロームなど合わせて1262件の解析情報が含まれています。NEDOスマートセルプロジェクトで得られたこれらの有用な解析情報がDBRPで公開されることで新たな価値が見いだされ、利活用が進むことでスマートセル技術による有用物質生産の加速が期待されます。16課題の概要と、うち2課題のデータはどなたでも閲覧することができ、残りの14課題のデータは、解析を実施した機関の許諾を得た上で閲覧することが可能です（閲覧に必要な手続きはこちらをご覧ください）。
DBRPに登録した各課題のデータは、登録プロジェクトリストをご覧ください。
相同性検索（BLAST）機能、アカウント登録機能などを追加しました。（2021年6月8日）
- ・相同性検索（BLAST）機能を追加しました。NBRC株のゲノム塩基配列やアミノ酸配列、国内由来スクリーニング株（RD株）のリボソームRNA遺伝子配列に対して、相同性検索することができます。
- ・制限公開データ閲覧用のアカウントの登録機能を追加しました。制限公開データの閲覧については、こちらをご覧ください。
- ・解析データ（表（tsv、csv）、画像）のダウンロードファイルの内容を画面上に表示できるボタンを追加しました。解析データのページ例は、こちらをご覧ください。
- ・NBRC株の株情報ページについて、微生物の危険度分類（バイオセーフティレベル（BSL））の情報を視覚的にわかりやすく表示するアイコンを追加しました。NBRC株の株情報ページ例は、こちらをご覧ください。
静岡県の微生物３株のデータを追加しました（2021年５月1８日）
静岡県の「しずおか有用微生物ライブラリー」コレクションに、ウィスキー醪から分離された乳酸菌などの微生物3株のデータを追加しました。DBRPに登録した微生物3株のデータは、こちらからご覧ください。
・NMZ-1139 Lactobacillus plantarum
・NMZ-1200 Lactobacillus harbinensis
・NMZ-1242 Saccharomyces cerevisiae
DBRP Stanzaで環境試料のメタゲノム解析結果と同属のNBRC株一覧を表示できるようになりました（2021年４月９日）
DBRP Stanzaにおいて、MicrobeDB.jp*に登録されているメタゲノム解析データを基に、環境名からその環境試料におけるメタゲノム解析結果の分類情報（属レベル）を表示できるようになり、同属のNBRC株を一覧でご覧いただくことができるようになりました。DBRP Stanzaは、こちらからご利用ください。
*MicrobeDB.jp : 「遺伝子」「系統」「環境」の3つを軸とした微生物学のデータを統合し作成されたデータベース
NBRC株の株情報ページに微生物分類や分離源などのアイコンを追加しました（2021年2月22日、3月16日）
NBRC株の株情報ページについて、以下の4種類の情報を視覚的にわかりやすく表示するアイコンを追加しました。・微生物分類
・分離源
・生育温度
・同種保有株数（同じ生物種のNBRCと理化学研究所JCMにおける保有株数）
NBRC株の株情報ページ例は、こちらからご覧ください。
国内スクリーニング株（RD株）のデータを公開しました（2021年1月27日）
国内で分離されたNBRC保有のスクリーニング株（RD株）約３万株の情報の公開を開始しました。国内由来のRD株は、国内の強酸性温泉地等の様々な環境や、土壌・植物・発酵食品・海水といった多様な分離源から分離された菌株で、新製品開発のためのスクリーニング材料として年間使用料（700円/株・年）をいただいて提供しています。分類学的に新規と推定される微生物（※）が多数含まれます。これにより、これまではエクセルファイルのみで情報提供を行っていたRD株をウェブサイトから手軽に検索できるだけでなく、NBRC株や企業、公設試験研究所が所有する菌株と一緒に「土壌」という分離源や「Saccharomyces」という属名などをキーワードとして検索することが可能となり、菌株を選択する幅が格段に広がります。
※リボソームRNA遺伝子塩基配列解析による評価。
DBRPに登録したRD株のデータは、こちらからご覧ください。
味の素株式会社のバイオセルロース生産酢酸菌のライブラリ（BPRライブラリ）のデータを公開しました（2020年10月26日）
この度、味の素株式会社が保有する、新規素材の開発が期待されるバイオセルロースを高生産する酢酸菌株など約39株の微生物とその関連情報の公開を開始しました。DBRPに登録したBPRライブラリのデータは、こちらからご覧ください。
味の素株式会社、株式会社テクノスルガ・ラボの生物資源データを公開しました（2020年9月14日）
この度、味の素株式会社が保有する、新規医薬リード化合物の創出が期待される水生不完全菌、粘液細菌など合わせて約600株の微生物とその関連情報の公開を開始しました。自然界から分離した菌株や育種株の情報、各々の菌株に関連する文献・特許情報、系統解析用の遺伝子配列情報など、味の素株式会社の長年の研究の粋を集めた資源と関連情報を掲載しています。この度公開した株式会社テクノスルガ・ラボの生物資源の情報は、酪酸産生菌に関するものです。ヒトおよび動物の腸内に生存する酪酸産生菌の多くは、酸素のない条件下でのみ生育可能な細菌（偏性嫌気性菌）であるため、採取および培養が難しい細菌ですが、近年、ヒト腸内において健康状態を維持する重要な菌として注目されています。株式会社テクノスルガ・ラボが保有する酪酸産生菌株は、ヒト由来試料から分離された株であり、このたび公開された情報には、酪酸産生菌の概要や、系統解析用の遺伝子配列などが掲載されています。
DBRPに登録した各社の生物資源データは、こちらからご覧ください。
・［DBRP］味の素株式会社ライブラリ
・［DBRP］株式会社テクノスルガ・ラボライブラリ
詳細についてはこちらからご覧ください。
静岡県・和歌山県の生物資源データを公開しました（2020年6月10日）
この度公開した、静岡県の情報は、県内の豊かな地域資源（河津桜などから採れる花や果実等）から分離された発酵食品に有用な酵母や乳酸菌等の微生物株のライブラリー（しずおか有用微生物ライブラリー）です。全ての菌株は、製品化前小規模試作試験を行い、製品化の可能性が高い株を記載しており、DBRPの特性情報に「パン酵母」などの情報が掲載されています。また、各株情報には「河津桜から分離」などの情報が記載されています。和歌山県の情報は、「Euglena gracilis Kishu（ユーグレナKishu株）」に関するもので、パラミロンという健康食品素材として用いられている物質を生産することやユーグレナKishu株に関する論文、特許に関する情報、画像情報が掲載されています。増殖が速く高温に強いという特徴を有する他、アミノ酸等の栄養素が豊富であることから、食品原料として利用ができる和歌山県のオリジナル株です。
DBRPに登録した静岡県と和歌山県の生物資源データは、こちらからご覧ください。
・［DBRP］しずおか有用微生物ライブラリー
・［DBRP］E. gracilis Kishuの株情報
詳細については【ニュースリリース】新しい時代の地域経済活性化に生物資源データプラットフォームが貢献しますをご覧ください。
DBRP Stanza を公開しました（2020年4月22日）
DBRPのサブシステムとして、NBRC株と理化学研究所のJCM株を統合的に検索できるWEBアプリケーション（DBRP Stanza）を公開しました。DBRPトップ画面の「微生物を探す」で分離源や原産地などの条件を指定して検索できるようになりました（2020年4月22日）
- ・トップ画面（検索画面）の「微生物を探す」では、目的に合わせた微生物の検索がしやすくなるよう、検索条件に「分離源」や「原産地」など新たに7種の項目を追加しました。
- ・検索結果表示画面、及びリスト表示画面について、一覧で表示されたデータのソート機能を追加しました。
- ・APIにおいても、データグループの種類と検索語のセットを複数指定して、微生物のAND検索が実施できるようになりました。
お問い合わせ
- 独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター バイオデジタル推進課
-
TEL：03-3481-1972
FAX：03-3481-1962
住所：〒151-0066 東京都渋谷区西原２－４９－１０ 地図
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