生物資源データプラットフォーム (DBRP)の公開

DBRPの検索機能を強化しました。（2022年6月23日）

DBRPに2つの検索機能を追加しました。

① 絞り込み検索
検索結果に対し、分離源や酸素要求性、属名など複数のプルダウンメニューでの絞り込みができるようになりました。 

② 同義語検索
DBRPに同義語辞書※を搭載いたしました。今までは検索窓に入力した検索語そのままで検索していましたが、検索語に対応する類義語でも自動的に検索し、結果が表示されるようになりました。

例）「ワイン」を検索するとカタカナの「ワイン」の記載のあるデータのみが検索結果として表示されていましたが、今回の改良により「wine」の検索結果も併せて表示されるようになりました。

※ 同義語辞書は、ライフサイエンス辞書プロジェクト（http://www.life-science-dictionary.com）で得られた研究成果を利用しています。 　 　

DBRPの検索画面をリニューアルしました。（2022年5月25日）

　ユーザーの皆様から寄せられた「検索窓の用途が分かりにくい」というご意見をもとにDBRPの検索画面をリニューアルしました。 リニューアルした検索画面では、どのような検索ができるのかという説明を記載し、検索メニューの配置を整理しました。また、使いやすいサイトになるよう全体的にメニューの配置を変更し、かつ青地に黄色いゾウが印象的だった画面から、黄色いゾウも少し形を変え緑色を基調とした画面へと一新しております。 今後もユーザーの皆様のご意見を積極的に取り入れることで、ユーザーの皆様の利便性を高める取り組みを続けてまいります。

ページトップへ

DBRPの概要

1. 　・NBRCが保有する生物資源に対して蓄積された豊富なデータに加えて、物質生産や薬剤耐性などの特性情報や文献情報、およびゲノムなどのオミックス情報といった様々な情報を関連するデータベースから収集し生物資源にひもづけて、一元化しています。これにより、生物資源に関する様々な情報をまとめて検索することができ、効率的な情報収集が可能です。
2. 　・登録データの日本語化を推進しており、「乳酸菌」などの一般的なキーワードで検索できます。採取地（国名、地名）、分離源（食品由来など）からの検索や、データの種類（ゲノム情報、画像情報など）を選択しての検索もできます。
3. 　・様々な機関の生物資源とその情報の登録機能を有しています。企業、大学、公的機関などからの生物資源情報の登録を受け付けております。
4. 　・詳細については、[DBRP] DBRPとはをご覧ください。

ご利用は以下のバナーからお入りください。

ページトップへ

DBRP Stanza の概要

　DBRP Stanzaは、NBDC RDF Portal^＊に登録されているNBRC株と理化学研究所のJCM株の生物資源データを、統合的に検索できるWebアプリケーションです。

ご利用は、DBRP Stanza からお入りください。

＊NBDC RDF Portal：生命科学分野のRDF形式によるデータベースを集約したポータルサイト
 

ページトップへ

DBRP画面イメージ (画像をクリックすれば拡大できます）

ページトップへ

過去のお知らせ

味の素株式会社ライブラリの16S rDNA配列の相同性検索（BLAST）データセットを追加しました。（2022年5月25日）

味の素株式会社のコレクション「AJ株 粘液細菌ライブラリ」と「AJ株 水生不完全菌ライブラリ」に、菌種の簡易識別などに利用されている16Sリボソームタンパク質の塩基配列が新たに追加されました。これを受けて、今回追加された配列（データセット）とお手持ちの配列との相同性検索（BLAST）ができるようになりました。
　登録された各配列情報は閲覧することもできます。

鳥取大学TUFC菌株（きのこ）コレクションを公開しました（2022年3月2日）

この度、鳥取大学農学部附属　菌類きのこ遺伝資源研究センターの「TUFC菌株（きのこ）コレクション (Tottori University Fungal Culture Collection)」の情報を公開しました。これは、DBRPにおいて初となる大学が所有する菌株データの公開となります。

TUFC菌株（きのこ）コレクションは、コウヤクタケ類やサルノコシカケ類、キクラゲ類などの国産木材腐朽性の野生きのこを中心として、菌根性のハラタケ類も含んでおり、採集日や同定者といった情報が明確な菌株で構成される日本最大級のきのこ菌株コレクションです。DBRPでは1839件の株情報とその関連情報（文献情報など）を公開しています。

DBRPに登録したTUFC菌株（きのこ）コレクションのデータはこちらからご覧ください。
・［DBRP］TUFC菌株（きのこ）

利用規約を一部更新しました。（2022年3月2日）

DBRPにおけるGoogle Analyticsの情報収集範囲の変更に伴い、「生物資源データプラットフォーム利用規約 11. Google Analyticsの利用について」を以下のとおり変更しました。

○変更前
DBRPでは、DBRPの利用状況を把握し、ユーザビリティを向上させることを目的として、Google社の提供するGoogle Analyticsを利用します。

○変更後（下線部が変更箇所）
DBRPでは、制限公開とするページを除き、DBRPの利用状況を把握し、ユーザビリティを向上させることを目的として、Google社の提供するGoogle Analyticsを利用します。

NITE保有株の免疫活性データとNBRC株の更新データを公開しました。（2021年11月30日）

・NITEが保有する乳酸菌、腸内細菌の一部について、免疫活性の評価結果のデータを公開しました。
   DBRPに登録した免疫活性データは、こちらからご覧ください。
   ・腸内細菌の免疫活性結果
   ・乳酸菌の免疫活性結果
   ・腸内細菌の短鎖脂肪酸生産量

・NBRC株のデータを更新し、686件の株情報や、588件の古細菌、放線菌の画像などを追加しました。

・NBRC株アルファベットリストを追加しました。DBRPに登録しているNBRC株を一覧でご覧いただけます

和歌山県の酵母5株のデータを追加しました。（2021年8月11日）

和歌山県の「和歌山県工業技術センター保有微生物資源」コレクションを新たに追加し、リンゴのような香りを有する物質「カプロン酸エチル」を生産する株など酵母5株のデータを追加しました。

DBRPに登録した「和歌山県工業技術センター保有微生物資源」のデータは、こちらからご覧ください。
 ・［DBRP］和歌山県工業技術センター保有微生物資源

NEDOスマートセルプロジェクトで得られた解析データを公開しました。（2021年6月11日）（2021年6月8日）

この度、2016年度から2020年度にかけて実施された新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）の「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発事業」（NEDOスマートセルプロジェクト）の16の課題で得られたデータの公開を開始しました。NEDOスマートセルプロジェクトは、植物や微生物の細胞が持つ物質生産能力を人工的に最大限引き出した細胞を構築し、有用物質生産を産業化することを目的としたプロジェクトであり、今回公開する16課題のデータには、ゲノム、遺伝子発現量、プロテオーム、メタボロームなど合わせて1262件の解析情報が含まれています。
　NEDOスマートセルプロジェクトで得られたこれらの有用な解析情報がDBRPで公開されることで新たな価値が見いだされ、利活用が進むことでスマートセル技術による有用物質生産の加速が期待されます。16課題の概要と、うち2課題のデータはどなたでも閲覧することができ、残りの14課題のデータは、解析を実施した機関の許諾を得た上で閲覧することが可能です（閲覧に必要な手続きはこちらをご覧ください）。
　DBRPに登録した各課題のデータは、登録プロジェクトリストをご覧ください。

相同性検索（BLAST）機能、アカウント登録機能などを追加しました。（2021年6月8日）

1. 　・相同性検索（BLAST）機能を追加しました。NBRC株のゲノム塩基配列やアミノ酸配列、国内由来スクリーニング株（RD株）のリボソームRNA遺伝子配列に対して、相同性検索することができます。
2. 　・制限公開データ閲覧用のアカウントの登録機能を追加しました。制限公開データの閲覧については、こちらをご覧ください。
3. 　・解析データ（表（tsv、csv）、画像）のダウンロードファイルの内容を画面上に表示できるボタンを追加しました。解析データのページ例は、こちらをご覧ください。
4. 　・NBRC株の株情報ページについて、微生物の危険度分類（バイオセーフティレベル（BSL））の情報を視覚的にわかりやすく表示するアイコンを追加しました。NBRC株の株情報ページ例は、こちらをご覧ください。

静岡県の微生物３株のデータを追加しました（2021年５月1８日）

　静岡県の「しずおか有用微生物ライブラリー」コレクションに、ウィスキー醪から分離された乳酸菌などの微生物3株のデータを追加しました。

DBRPに登録した微生物3株のデータは、こちらからご覧ください。
・NMZ-1139 Lactobacillus plantarum
・NMZ-1200 Lactobacillus harbinensis
・NMZ-1242 Saccharomyces cerevisiae

DBRP Stanzaで環境試料のメタゲノム解析結果と同属のNBRC株一覧を表示できるようになりました（2021年４月９日）

　DBRP Stanzaにおいて、MicrobeDB.jp*に登録されているメタゲノム解析データを基に、環境名からその環境試料におけるメタゲノム解析結果の分類情報（属レベル）を表示できるようになり、同属のNBRC株を一覧でご覧いただくことができるようになりました。

DBRP Stanzaは、こちらからご利用ください。

　*MicrobeDB.jp : 「遺伝子」「系統」「環境」の3つを軸とした微生物学のデータを統合し作成されたデータベース

NBRC株の株情報ページに微生物分類や分離源などのアイコンを追加しました（2021年2月22日、3月16日）

　 NBRC株の株情報ページについて、以下の4種類の情報を視覚的にわかりやすく表示するアイコンを追加しました。
・微生物分類
・分離源
・生育温度
・同種保有株数（同じ生物種のNBRCと理化学研究所JCMにおける保有株数）

NBRC株の株情報ページ例は、こちらからご覧ください。

国内スクリーニング株（RD株）のデータを公開しました（2021年1月27日）

　国内で分離されたNBRC保有のスクリーニング株（RD株）約３万株の情報の公開を開始しました。国内由来のRD株は、国内の強酸性温泉地等の様々な環境や、土壌・植物・発酵食品・海水といった多様な分離源から分離された菌株で、新製品開発のためのスクリーニング材料として年間使用料（700円/株・年）をいただいて提供しています。分類学的に新規と推定される微生物（※）が多数含まれます。
　これにより、これまではエクセルファイルのみで情報提供を行っていたRD株をウェブサイトから手軽に検索できるだけでなく、NBRC株や企業、公設試験研究所が所有する菌株と一緒に「土壌」という分離源や「Saccharomyces」という属名などをキーワードとして検索することが可能となり、菌株を選択する幅が格段に広がります。
※リボソームRNA遺伝子塩基配列解析による評価。

DBRPに登録したRD株のデータは、こちらからご覧ください。

味の素株式会社のバイオセルロース生産酢酸菌のライブラリ（BPRライブラリ）のデータを公開しました（2020年10月26日）

　この度、味の素株式会社が保有する、新規素材の開発が期待されるバイオセルロースを高生産する酢酸菌株など約39株の微生物とその関連情報の公開を開始しました。

DBRPに登録したBPRライブラリのデータは、こちらからご覧ください。

味の素株式会社、株式会社テクノスルガ・ラボの生物資源データを公開しました（2020年9月14日）

　この度、味の素株式会社が保有する、新規医薬リード化合物の創出が期待される水生不完全菌、粘液細菌など合わせて約600株の微生物とその関連情報の公開を開始しました。自然界から分離した菌株や育種株の情報、各々の菌株に関連する文献・特許情報、系統解析用の遺伝子配列情報など、味の素株式会社の長年の研究の粋を集めた資源と関連情報を掲載しています。

　この度公開した株式会社テクノスルガ・ラボの生物資源の情報は、酪酸産生菌に関するものです。ヒトおよび動物の腸内に生存する酪酸産生菌の多くは、酸素のない条件下でのみ生育可能な細菌（偏性嫌気性菌）であるため、採取および培養が難しい細菌ですが、近年、ヒト腸内において健康状態を維持する重要な菌として注目されています。株式会社テクノスルガ・ラボが保有する酪酸産生菌株は、ヒト由来試料から分離された株であり、このたび公開された情報には、酪酸産生菌の概要や、系統解析用の遺伝子配列などが掲載されています。

DBRPに登録した各社の生物資源データは、こちらからご覧ください。
・［DBRP］味の素株式会社ライブラリ
・［DBRP］株式会社テクノスルガ・ラボライブラリ

詳細についてはこちらからご覧ください。

• ・【ニュースリリース】新規医薬リード化合物の創出に期待 味の素株式会社が保有する希少な微生物を含む約600株の情報を生物資源データプラットフォームで公開しました
• ・【ニュースリリース】新たな健康食品開発に期待 株式会社テクノスルガ・ラボの酪酸産生菌の情報を生物資源データプラットフォームで公開しました

静岡県・和歌山県の生物資源データを公開しました（2020年6月10日）

　この度公開した、静岡県の情報は、県内の豊かな地域資源（河津桜などから採れる花や果実等）から分離された発酵食品に有用な酵母や乳酸菌等の微生物株のライブラリー（しずおか有用微生物ライブラリー）です。全ての菌株は、製品化前小規模試作試験を行い、製品化の可能性が高い株を記載しており、DBRPの特性情報に「パン酵母」などの情報が掲載されています。また、各株情報には「河津桜から分離」などの情報が記載されています。
　和歌山県の情報は、「Euglena gracilis Kishu（ユーグレナKishu株）」に関するもので、パラミロンという健康食品素材として用いられている物質を生産することやユーグレナKishu株に関する論文、特許に関する情報、画像情報が掲載されています。増殖が速く高温に強いという特徴を有する他、アミノ酸等の栄養素が豊富であることから、食品原料として利用ができる和歌山県のオリジナル株です。

DBRPに登録した静岡県と和歌山県の生物資源データは、こちらからご覧ください。
・［DBRP］しずおか有用微生物ライブラリー
・［DBRP］E. gracilis Kishuの株情報

詳細については【ニュースリリース】新しい時代の地域経済活性化に生物資源データプラットフォームが貢献しますをご覧ください。

DBRP Stanza を公開しました（2020年4月22日）

　DBRPのサブシステムとして、NBRC株と理化学研究所のJCM株を統合的に検索できるWEBアプリケーション（DBRP Stanza）を公開しました。

DBRPトップ画面の「微生物を探す」で分離源や原産地などの条件を指定して検索できるようになりました（2020年4月22日）

1. 　・トップ画面（検索画面）の「微生物を探す」では、目的に合わせた微生物の検索がしやすくなるよう、検索条件に「分離源」や「原産地」など新たに7種の項目を追加しました。
2. 　・検索結果表示画面、及びリスト表示画面について、一覧で表示されたデータのソート機能を追加しました。
3. 　・APIにおいても、データグループの種類と検索語のセットを複数指定して、微生物のAND検索が実施できるようになりました。